作為聖戰者的國度，葉爾羌汗國從薩義德汗開始，便信奉蘇菲派中的納克什班底教派，但是一直到阿不都哈林汗時期，宗教總是依附於汗廷，沒有在世俗事物方面發揮多大作用。

第五任教主馬哈圖木去世後，納克什班底教派再次發生分裂，長子額敏成為白山派掌門，四子伊斯哈克成為黑山派掌門。

兩派在河中地區互相爭鬥，伊斯哈克决定進入葉爾羌發展。

甫一進入葉爾羌，伊斯哈克便敏銳地意識到，馬黑麻前程遠大，便接近馬黑麻汗。馬黑麻汗也沉浸在宗教狂熱中不可自拔，他拜伊斯哈克為師，馬黑麻汗自稱是伊斯哈克“最低賤的僕人”。

伊斯哈克見目的基本達到，便返回河中舉族遷往葉爾羌，其中就有他7歲的兒子和卓沙迪，在他們尚未進入葉爾羌時，馬黑麻汗便身著平民服飾，恭立在路邊，迎接“聖裔”的到來。

待7歲的和卓沙迪進入視線以後，馬黑麻竟然放弃了君主和一個人的自尊，親自給這個乳臭未乾的黃口小兒牽馬墜蹬，這時的馬黑麻已經是走火入魔了。

在葉爾羌汗國，黑山派成了最受可汗青睞的教派，受到了大力扶持。

待那個黃口小兒和卓沙迪時期，幾乎已經是權傾朝野了。

馬黑麻汗雖然對伊斯哈克自稱是“最低賤的奴隸”，願意把“頭顱當做貢獻禮物獻給他”。

但在他當政時，仍然能牢牢把握住權力。宗教只能為他服務。

但他去世以後，教權就成了脫韁的野馬，無人能牽制了。

黑山派破壞法統，廢長立幼，吐魯番獨立

1610年，馬黑麻去世。按照傳統，應該是長子繼位，在眾多汗室貴族中，馬黑麻的幼弟-吐魯番總督阿杜剌因王子，以及他的侄子-和田總督沙.海達爾王子年紀最長，是合法的繼承人。

但是黑山派和卓沙迪聯絡朝中重臣違背法統，擁立喀什噶爾總督馬黑麻長子阿黑麻繼位。

規矩就這樣被破壞了，規矩一壞，肯定就會人人效仿。

阿黑麻剛一即位，他的表弟東部重鎮察力失的總督哈斯木王子變舉兵反叛，並邀請衛拉特人幫忙。

隨後，有繼承資格的吐魯番總督阿杜剌王子也起兵反叛了。

一時間，汗國東部一片混亂。

所幸的是，阿黑麻有一個驍勇善戰的兒子帖木兒王子，王子率軍東擊叛軍，收復察力失，庫車等都市。

但是沒能消滅吐魯番的阿杜剌因王子。

內亂

至此，吐魯番開始自行割據，不再受汗國管轄。

而衛拉特人，這個日後滅亡汗國的噩夢，也開始頻頻出現在葉爾羌汗國。

帖木兒王子東征勝利以後，自持有功，開始荒淫暴虐，1615年因病而死。

長子的死令阿黑麻汗失去了繼承人和重要的戰將，汗國局勢更加動盪。

堂弟沙拉夫.丁王子又舉起了反旗，阿黑麻汗迅速將其鎮壓。

他派自己的小兒子拉提甫王子為總督，並讓所有貴族們派自己的兒子們去輔佐拉提甫王子。

一波未平一波又起，他的侄子亦斯幹達爾又反叛了，不過馬上就被鎮壓了。

阿黑麻汗再也不相信自己的同宗了，他將同宗全部流放出去，汗廷宗族勢力大衰，重臣沙家族掌握了大權。

阿黑麻汗不甘大權旁落，就開始提拔一些身份低的官員擔任重要的職務，對沙家族加以遏制，但是他沒想到這給他引來了殺身大禍。

可汗之死

1619年，沙家族策劃了針對阿黑麻的刺殺，不過沙家族的一名成員法爾比赫將這一消息告知了阿黑麻汗。

不過可汗認為自己有大恩於沙家族，如果他們要反叛，“至高的真主就是目睹著和見證人”，所以沒有絲毫防範。

在一次外出遊獵時，阿黑麻的駐地被沙家族的阿兵哥包圍，阿黑麻身邊只有少數衛兵，只能保護著他退入到冰窖。

沙家族的士兵們四處搜尋，為逼迫阿黑麻現身，他們殺死遇到的每一個人。

為了不牽連無辜的人，阿黑麻高聲喊道“你們要找汗，汗就在這裡”，行兇者們聞聲而來，刀劍齊下，將阿黑麻剁成肉泥。

阿黑麻死的很有騎士風度，但是他的爛攤子還得有人去收拾。

沙家族擁立阿黑麻的堂弟忽失歹為汗，可是僅僅9天，阿黑麻的幼子拉提甫王子率兵攻克葉爾羌，殺了忽失歹，族滅了沙家族。

拉提甫自立為汗，之後，他將阿黑麻的監軍，與黑山派和卓平起平坐的同屬“聖裔”的拉紮克驅逐出境，這樣一來，唯一可以制衡沙迪和卓的權臣和宗教人士已經被全部清除，黑山派儼然已經是“江湖第一大門派”。

拉提甫在位12年，汗國內憂外患，割據東部的阿杜剌因屢屢聯合哈薩克汗國和衛拉特人入侵西部，最後拜城，庫車相繼遺失。

朝內，黨爭頻繁，面對如此惡劣局面，年輕的可汗憂患成疾，26歲便病死了。

繼位的是拉提甫汗的大哥帖木兒的次子速檀馬黑麻，他的哥哥速檀馬合木起兵反叛，驅逐了弟弟，自己做了可汗。三年後，速檀馬合木被沙迪和卓派人暗殺，速檀馬黑麻復位。

在葉爾羌汗國忙於內鬥和宗教權利無限過大的時候，1636-1637年間，天山北部草原上，衛拉特人幾經分化，崛起了一個新的汗國-準噶爾汗國。

此時，與黑山派勢不兩立的白山派也在教長玉速布的帶領下進入葉爾羌，開始在喀什噶爾傳教。

這兩件事對已經病入膏肓的葉爾羌汗國無疑是催命符，雪上加霜。