傳說南少林毀於清初統治者之手，80年代末遺址才重見天日，與此同時開始了浩大的重建工程，直到1998年末才告疫工，正式向海內外開放。

一、南少林被大火燒毀

我們所說的南少林，即福建莆田少林寺。它自南朝初年（420年-450年左右）建成後，歷來與河南嵩山少林寺雙峰並峙，即令在世俗世界也影響頗大，比如金庸的《書劍恩仇錄》及《笑傲江湖》都曾提到，李連傑的電影《南北少林》也名噪一時。這樣一座千年古刹，又何以會最終毀掉呢？

相傳，康熙十三年（1674年），清王朝突然下令火燒福建少林寺。金庸在《書劍恩仇錄》中也化用了此次事件，不過卻將其延後到了乾隆年間，徐天宏說：

他（方有德）勾結成璜、瑞大林，調兵夜襲少林寺。天虹老禪師不肯出寺，在寺中給燒死了。

紅花會眾人殺出重圍時，陳家洛曾要求乾隆撥庫銀重建少林寺，且“佛像金身，比前更加宏大”，顯然乾隆也並沒照辦。

二、為什麼被燒毀？

按《書劍》，方有德為什麼要火燒南少林寺呢？

原來他想討好皇帝。

南少林的戒持院中，藏有當年紅花會總舵主於萬亭被革出少林和乾隆身世之謎的重要案卷。裡面寫道，乾隆的真實身份乃是海寧陳世倌的大公子，陳家洛的親大哥，陳母生下乾隆四日，便被雍親王府上抱去，以狸猫而換太子。然後又派出殺手，要殺陳家滿門。適逢於萬亭武功大成，格斃刺客後又暗中保護了數年方才離去。

於萬亭將這一切經過及證據都保存在師門南少林中。文泰來逐成璜和瑞大林，隨之陳家洛也尋來，本待要殺二人，卻被那幫迂腐的僧人放了性命。兩人下山，便勾結上了方有德，縱火焚掉了這座千年古刹。

小說之外，這個故事要涉及到少林五祖、天地會等名詞。

少林五祖有五人：胡德帝、李式開、馬超興、方大洪、蔡德忠。他們本出身北少林，朝廷火燒北少林後，五人逃到福建南少林，組建天地會，秘密開展反清複明活動。

南少林之毀的故事又是這樣的：

西魯國入侵邊疆，官兵作戰不力，無奈之下朝廷放榜招募壯士，以封官進爵許之。南少林寺僧自願揭榜殺敵。可是得勝回朝後，康熙帝卻翻臉不認人，火燒南少林，屠殺寺眾。有五個僧人僥倖逃脫，從此矢志反清，成立天地會。

兩個故事綜合來看，可以推測出其實講的是一個故事：朝廷火燒少林寺，五個僧人逃脫後組建天地會反清複明。

其實認真推敲，這個故事有很多疑點。

首先西魯國當然是子虛烏有。西魯有兩說，一說以為是俄羅斯，但俄羅斯從前的譯名是“斡露絲”和“羅刹”，在元代時就有了，清初正式定名為“俄羅斯”；二說西魯即西藏之虜，但清初稱西藏為衛藏，衛即衛藏，藏即後藏，西藏是後來正式確定的詞語，凡國家省略稱呼西藏之處，皆用“藏”字省稱而非“衛”“西”。

其次，兩國相爭講究的是刀槍劍戟和算無遺策，康熙也算一代帝皇，怎會把希望寄託在一群不聞世事的和尚身上——就算他們是武林高手，去了又能濟得什麼事！

而且，康熙也算英明之君，就算那些和尚要謀反，誅其首罪就行了，一國皇帝怎會小家子氣到要以燒掉寺廟來對抗天下汹汹之論？

最後，天地會基本可以考證出為鄭成功所創建。

結論：西魯傳說透露出濃濃的演義風，少林五祖及火燒少林寺之事太過荒誕不經，以上應該都是天地會的偽託，目的是為了凝聚會眾志氣，增强國仇家恨之感。

如此說來，南少林之毀，或許真因火燒，但真正的放火人，清軍和鄭成功軍隊都有可能，而最大的可能是，毀於兩軍交戰之時。