乾隆二十四年（西元1759年），清軍平定了天山南北，重新將這塊漢、唐西域都護府的故土，歸入了中原王朝的版圖。清高宗乾隆將這塊達160萬平方公里以上的廣袤土地，命名為“新疆”，取“新附舊疆”之意。雖然收服了故土，但清廷仍保留了當地原有的伯克制度，即由當地各級“財主、貴族”實施治理，清廷給予部分援助。

1862年，清廷為了鎮壓內地此起彼伏的人民起義，斷絕了給新疆的援助，當地各級伯克瘋狂搜刮群眾，導致庫車起義爆發，伯克們各自割據，相互混戰。慢慢地，整個南疆落到了一個名叫穆罕默德·雅霍甫的伯克手裡，此人的漢文名，叫阿古柏。這厮出生在中亞塔什干（今烏茲別克首都）附近，根本不是新疆居民，是個流竄的外國人。

1867年，阿古柏通過血腥的征戰，建立了所謂“哲德沙爾汗國”，給新疆人民造成了空前深重的災難，各地殘破凋零，滿目瘡痍，民不聊生。百姓甚至淪為奴隸，被帶到中亞市場出售。這時候的中原清王朝在幹什麼？鎮壓太平天國。1864年，湘軍攻下天京，太平天國失敗，何時收復阿古柏竊據的新疆地區，擺上了清廷的議事日程。

但是當時清朝面臨的不僅是新疆被侵犯，東南沿海也被日寇侵襲，一時間“海防”與“塞防”孰輕孰重，清政府內部發生了激烈辯論。所謂的“新疆不復，於肢體之元氣無傷；海疆不防，則腹心之大患愈棘”的理論，被左宗棠嗤之以鼻，左宗棠直言，19世紀的沙俄在東方的侵略擴張行動，從來是沒有盡頭和界限的。

正因為海疆多事，所以才要一勞永逸地解决新疆的阿古柏政權，以便集中全力經營“海防”。不然，就會“我師退一步，則俄人進一步”，放弃新疆就是自撒藩籬，沙俄必將得寸進尺。隨後甘、陝甚至整個北方都會失去保障，京城危矣！慈禧這才回過神來，同意左宗棠出兵收復新疆。

1878年1月2日，清軍收復和闐。至此，除伊犁外，新疆全境收復。1881年，清廷又以左宗棠等人的大力備戰為後盾，收回了伊犁大部，新疆終於回到了祖國母親的懷抱。人們給了左宗棠極高的歷史評估，然而，那些跟隨左宗棠西征的普通士兵，同樣值得銘記，他們去了哪兒？

在阿古柏殘暴統治下，新疆被全面破壞，滿目瘡痍，開發建設已不可能在動亂前的基礎上推進，只有先醫戰亂創傷，重建經濟，才可能謀求發展。隨著戰爭的全面結束，也便有了“裁勇歸農”。成崇德《清代西部開發》記述，被裁兵勇中不少人自願留居新疆，“就地轉業”了。

“娶有妻室，願留口外者，准其酌借牛力籽種，撥荒絕無主地畝，令其承墾，秋後以糧抵還”。朝廷供給他們牲畜與種子，撥給他們無主的荒絕地，他們從此在邊疆安家了。

1885年9月5日，左宗棠在福州病故，享年73歲。去世前口授遺折，指出清朝“西域初安，東洋思逞”，勸皇帝發憤圖強，“移不急之費，以充軍實；節有用之財，以濟時艱；上下一心，實事求是”：如此則“臣雖死之日，猶生之年”。不難看到左宗棠對留疆阿兵哥開發建設新疆的肯定。

“大將籌邊尚未還，湖湘子弟滿天山。新栽楊柳三千里，引得春風度玉關。”