在新中國成立的13個大軍區中，首任大軍區司令員和政委，大多數都是上將來擔任，中將擔任並不多，而王恩茂中將，就是少有的一比特。

王茂恩解放後，擔任了南疆軍區政委，司令員是郭鵬。

1955年，新疆軍區領導層作出了調整，他接替了新疆軍區代司令員王震的職務，擔任了軍區司令員兼政委。

這一年，新疆軍區升格為大軍區，與北京軍區、廣州軍區等都同屬一個級別。

一個中將能擔任大軍區司令員兼政委，在當時來說，也是獨一份。

他擔任司令員13年，到了1968年，龍書金接替了司令員到職務，他依然兼任軍區政委，擔任政委一職長達20年。他在兩個時間段任政委，第一段是1955年到1972年；第二段是1982年到1985年。

他不僅擔任軍區一把手，而且還擔任新疆第一書記。

在特殊時期，他受到了衝擊，被貶到安徽蕪湖地區擔任副書記。

後來，他情况得到改善後，給毛主席寫信，希望重返部隊工作。被批示後，他調任到南京軍區擔任副政委。

兩年後，他調任吉林工作，擔任了吉林書記，兼省軍區第一政委、瀋陽軍區副政委。他的工作重心，從軍隊轉入地方了。

到了1981年，他重返新疆工作，擔任了新疆第一書記，烏魯木齊軍區政委（新疆軍區改為烏魯木齊軍區）。

之後，他退居二線，到政協履職。