洪武三十一年四月，七十一歲的朱元璋，或許是他感到大限將至命不久矣，於是他定下計謀，讓皇太孫朱允炆在他死後照辦。同年六月，朱元璋駕鶴西去，舉國震動，在朱元璋的後事處理之上有兩件事至今讓人費解。

一是出殯時間。古代皇帝，特別是大一統王朝的皇帝，駕崩後到出殯一般都有兩三個月的時間，主要是讓朝廷大臣、後宮嬪妃、皇子皇孫等等來弔唁的，過程也是非常繁瑣。而朱元璋作為一個大一統王朝的千古大帝，在其死後不足七天，很多子孫還沒來得及祭拜，朱允炆就把朱元璋出殯了，後來這成了朱棣靖難的理由之一。

二是出殯儀仗隊。不光是皇帝登基的排場宏大，一般皇帝死後葬禮的排場也是非常宏大的，皇室、京城上下官員全部都要傾巢而出，出靈抬棺72人，引幡64人，後面鹵薄儀仗有數千人，浩浩蕩蕩，十分威風，抬棺木的扛夫，每班有128人，分三班輪流抬送。而朱元璋的出殯儀仗則不同，南京十三個城門都有出殯儀仗隊同時出城，陣勢完全相同，讓人難辨真偽，不知道哪一支是真的哪一支是假的。

正因為這個原因，所以後世關於朱元璋真正的陵墓在哪裡，就有了很多傳說，主要有四個地方。一是南京朝天宮，二是北京萬歲山，三是玄武湖附近，四是城外其他的地方或是朱元璋的故鄉等等。這些猜測都認為明孝陵的地宮其實空的，裡面只有馬皇后，而沒有朱元璋。

由於史書失載，關於朱元璋的陵墓建築，缺乏必要的工程檔案資料，加之在民間還有朱元璋葬於以上四個地方的傳說，以及下葬時十三個城門出殯等歷史記載，所以600年來一直成為人們心中的一個謎。比如清朝趙執信在《萬歲殿》中說，朱元璋不是葬在孝陵，而是葬在了萬歲山。

由於明孝陵一直保存完好，裡面究竟有沒有朱元璋，只能靠猜測而沒有確切的答案。只能期待著科技的發展，在不破壞陵墓的情况，對明孝陵進行勘察，或許能揭開謎底。