在一般人們的印象中，遠離海洋、深居內陸的黑龍江和吉林兩個地方，從軍事的角度上來說，是毫無必要部署海山力量的，然而，歷史缺跟人們開了一個大玩笑，在距今不遠的清朝，政府不僅在這兩地部署了艦隊，還派出大員鎮守，那麼這是為什麼呢？清朝在東北的這些艦隊又發揮了什麼樣的歷史作用呢？

東北地區雖然氣候寒冷，一年當中有半年的封凍期不能行船，但水系卻很發達，黑龍江和它的支流松花江、嫩江等可以方便地溝通東北的很多角落，而清代前期的東北地區開發程度還很低，大量森林覆蓋，這又為水師的建設提供了天然的資料。

事實上，早在明永樂年間，朝廷就在今吉林市設定船廠，督造戰艦，建立了一支叫作“東巡護軍”的水上部隊。

而到了清康熙年間，迫於沙皇俄國的武力威脅，清朝在東北地區正規水上部隊的建立的也顯得愈發必要了。早在順治年間，有亞庫次克等西伯利亞要點東來的沙俄哥薩克們就以皮划艇為交通工具縱橫黑龍江，甚至出現第一次把清軍打得大敗的烏紮拉村之戰。這時的東北地區，地廣人稀，松花江——黑龍江就是主要的交通線，同時主要居民點也多集中於江河沿岸，囙此清廷决心在東北“大治水師”。

1661年，清廷在吉林設定船廠和水師營，這是清朝“東北艦隊”的開端。1682年，康熙東巡，親自檢閱了吉林水師。幾乎與此同時，清廷又建立了黑龍江水師衙門，黑龍江水師衙門下轄齊齊哈爾水師、墨爾根（嫩江）水師、黑龍江城（璦琿）水師和駐吉林的船廠機构，成為了清朝在東北地區最龐大的水上力量。

在兩次雅克薩戰爭中，吉林和黑龍江水師並肩作戰，不僅擔負了主要的運輸任務，而且還直接以艦炮火力轟擊俄軍堡壘，在江上建立封鎖線，為戰爭的最後勝利立下了汗馬功勞。而在作戰的過程中，更是有一支來自福建的“特種部隊”為水師立下了奇功。他們就是由林興珠率領的福建藤牌兵。

最初，清軍礙於沙俄火器的犀利，在近戰中吃虧很大，後來，康熙皇帝聽說福建將領林興珠率領的藤牌兵使用的藤牌可以抵禦火槍的射擊，於是便大喜過望，不僅親自召見了林本人，更是直接安排了藤牌兵的武器裝備。

在雅克薩之戰中，這些來自福建的官兵們，往往迅速從戰艦上躍下，以藤牌為掩護，迅速接近俄軍再展開近戰，效果非常好，他們圓滿地配合了水師其餘部隊和陸上官兵完成了作戰任務，並取得了最終勝利。

雅克薩戰爭後，黑龍江和吉林水師也作為朝廷正規軍的編制而保留了下來，他們長期擔負起了運輸以及巡邏等邊防諸多任務，為兩百年間時間中清朝東北地區的安全立下了不朽功勳。