1945年8月8日蘇軍對日宣戰以後，關東軍總司令山田乙三大將就率領心腹班底，撤出長春乘火車到達吉林省通化縣（現在是地級市），這裡靠近中朝邊境，是關東軍提前預置的“戰鬥司令部”所在地，也就是軍事術語中的野戰司令部，包括偽滿皇帝溥儀等人後來也被裹挾到這裡。

按照關東軍的戰役部署，大批日軍將從東北腹地向半島逃竄，以便通過半島再逃回本土，作為必經之地的通化，囙此留滯了大批日軍官兵和家屬。據不完全統計，當日本宣佈投降以後關東軍放下武器時，通化地區被繳械的日軍官兵多達37000餘人，主要是第125師團和第134旅團的部隊，另有醫院、學校、航校等後勤組織，以及大批偽滿官吏和警詧。

理論上說，這些日本官兵和家屬，是應該由國民政府安排進行統一“遣返”的，但是由於國共雙方部隊正在遼西地區爆發戰爭，囙此到了1945年11月份左右，在通化地區的大部分日本人已無可能前往遣返集中地葫蘆島港。而且蘇軍是逮著日本人就裝上火車運往西伯利亞，所以這些日本人東躲西藏，分散在通化以及周邊縣鎮的鄉下，許多人逃過了蘇軍的抓捕。

蘇軍撤離東北後，八路軍冀東軍區的一個團、山東軍區六師第18團的一個營接管通化，著手組建地方政府。敵杜聿明的部隊攻佔錦州後，東北局又决定把通化作為後方根據地，囙此將供給部、衛生部、軍政大學、炮校、航校等非戰鬥組織，也都從遼寧的撫順轉移到了通化，並組建了通化地委和軍分區，地委書記是後來的38軍政委劉西元將軍。

為了配合杜聿明部隊的正面進攻，國民黨方面也盯上了通化，專門派出一批特務人員潜入通化，勾結已經投降的日軍、偽滿人員陰謀舉行暴動，企圖把八路軍驅逐出通化，擾亂我軍後方。叛亂的主要組織者，是敵“通化黨部書記”孫耕曉和日軍第125師團原參謀長藤田實彥大佐等人，而其中被煽動起來準備參加叛亂的日本兵，城內城外多達10000餘人。

孫耕曉代表遼寧省黨部跟藤田等人秘密達成協議，於1946年2月4日淩晨4時共同舉行叛亂，消滅城內的民主政府和八路軍，然後組建所謂的“通化中日聯合政府”，國民黨方面則作出保證，允諾在通化的日本人可以不回國、不失業、財產受保護。為此，這些日本人搜羅了一些藏匿起來的武器，串聯了航校、炮校、醫院裏被我軍留用的日籍人員，至於選擇2月4日這個時間，是因為當天為1946年的大年初一，敵人認為當天我軍戒備會比較鬆懈。

情况確實很危急，因為敵我力量對比過於懸殊，當時為了支援前線和在通化周邊地區進行剿匪，通化軍分區掌握的部隊大部派出，留守力量已經非常薄弱，只有教導團的兩個連、縣大隊的兩個連數百人，而參加叛亂的日軍和漢奸多達萬餘人。更要命的是，即便在這四個連的部隊中，還有敵人的“第五縱隊”作為內應，這就是主要由偽滿阿兵哥、警詧改編而來的縣大隊，以及通化警察局內部的一些變節分子。

什麼叫“第五縱隊”？這個源於西班牙內戰時期的特殊名詞，主要是指隱藏在我方內部的敵人內應武裝，而在通化暴亂中，第五縱隊的實力幾乎占到了我軍的一半力量，當真是千均一發。在遭到敵人拉攏的人員中，有一個通化縣大隊警衛連的偵察員名叫王曉峰，他的立場比較堅決，把敵人的情况和動向及時向軍分區做了報告，而分區後勤部的軍械股長沈殿鎧，也發現了自己的舅父劉靖儒是叛亂的頭目之一，迅速上報了情况。

所以通化軍分區提前掌握了敵人的叛亂陰謀，包括具體計畫、訊號和口令等細節，留守的分區政委吳溉之衕誌立即召開緊急會議並作出部署，首先命令分區參謀長茹夫率精幹人員奔襲敵人的叛亂指揮部，當場將孫耕如等人抓獲；同時要求各機關組織組織人員分發武器進行備戰，尤其是要甄別和處理內部的叛變分子，並派通訊員聯絡最近的部隊：李紅光支隊增援通化。

孫耕曉到案後，通化軍分區通過審訊進一步瞭解了敵情，尤其是“第五縱隊”的情况，它包括縣大隊林大隊長以下的大部分、教導團一個李姓營長以下數十人、警察局董志祥以下10餘人、專員公署李志義以下20餘人。吳溉之政委一邊密令各單位抓捕敵人的內應分子，一邊派部隊將通化縣大隊的兩個連繳械，同時調附近的臨江縣大隊進駐，這個縣大隊主要由礦工組成，人員比較可靠。

就在我通化軍分區、地區公署緊鑼密鼓整肅內部和嚴陣以待的時候，由於藤田實彥漏網，1946年2月4日淩晨4時，隨著全城電燈兩閃兩滅的訊號，以日本人為主的叛亂還是發生了。大批舉著戰刀和棍棒的日本人沖向我方各單位（武器不多），而留用的日籍人員也行動起來，炮校裡面的日本人開始給坦克加油、航校裡面的日本人做起飛準備、醫院裡面的日本人殺害了幾乎所有八路軍傷病員。

所幸我軍在炮校和航校兩處的反應很快，迅速控制了一批企圖參與叛亂的日本人，將飛機、坦克和大炮掌握在手中，為平定叛亂創造了非常有利的局面。而暗藏在各單位內部的“第五縱隊”人員也紛紛被抓捕，因為有完整的名單在手裡呢。而各單位人員配合警衛部隊，分守大樓和要點，用猛烈的火力射擊沖上來的日本人，戰鬥一時非常激烈。

儘管日本人一度攻佔了警察局大樓，但是很快就被我軍在大炮的火力掩護下奪了回來，而缺乏武器彈藥的日本人在其他單位門前也是傷亡慘重屍橫遍地，我通化軍分區黨政軍機關依靠自己的力量，終於堅持到了天亮時分。此時兼程趕來的李紅光支隊（朝鮮支隊）3000餘人到達戰場，立即對日軍發起猛烈進攻，藤田及其所部支撐不住，開始四散向城外逃竄。

前後僅用半天時間，通化日偽人員的叛亂就被我軍堅決徹底地鎮壓了，八路軍和李支隊指戰員在通化城內外進行搜捕，共抓獲參與暴亂的日本人5000餘名，並處決了其中一批骨幹分子，使通化的形勢迅速趨於穩定，藤田實彥不久也被抓捕歸案，連病帶嚇，在監獄中一命嗚呼。戰後，吳溉之政委專電向東北局彙報了平定通化暴亂的情况，1946年2月7日，彭真回電：

電悉，你們的斷然處置很好，1、所有參加暴亂的國民黨分子一個不殺，但不要釋放，讓其書面寫出組織暴動的經過，準備向南京方面提出抗議；2、對參與暴動的日本人之首要分子及戰爭罪犯要堅決鎮壓，所有參與暴動之日本人的財產應予沒收，乘機把日本法西斯在通化政治上、經濟上的勢力堅決肅清。