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1720年，準噶爾人將拉薩的寺廟劫掠一空，後在新疆建起金寺和銀寺

可以肯定的是，在清朝前期和中期，新疆的北疆地區仍然是一個佛迹繁榮與興盛的地方。海努克古城是新疆的一處文物古迹。清朝，準噶爾仍然將海努克古城作為政治及宗教中心。固爾紮寺叫金頂寺，金寺；海努克寺叫銀頂寺，銀寺。僧格於1670年被暗殺後，其弟噶爾丹自西藏返回，在達賴喇嘛以及和碩特首領鄂齊爾圖車臣汗的支持下登上了準噶爾大汗之比特，遂率部眾依附噶爾丹。1698年，正式成為準噶爾大汗。哈薩克人在戰爭中搗毀了金寺與銀寺。