呼倫貝爾市域內河湖眾多，河流總長度近4.5萬公里，湖泊水域面積近2900餘平方公里，承載著自治區73%的地表水資源量。豐富的水資源與森林、草原一起構成了中國規模最大、最為完整的生態系統。

近年來，呼倫貝爾市深入學習貫徹習近平總書記治水管水新理念、新思想、新戰略，按照“節水優先、空間均衡、系統治理、兩手發力”的新時代治水方針，堅持高起點籌畫、高標準推進、高質量落實，清理整治抓落實，切實加強河湖管理保護，有效改善全市水生態環境。先後開展《呼倫貝爾市地下水生態保護規劃》《呼倫貝爾市“十四五”水資源配置利用規劃》《呼倫貝爾市“十四五”節水型社會建設規劃》等檔案的編制工作，切實强化規劃引領。積極開展地表水分水工作，加强重要地下水水源地管控，及時掌握地下水水位變化情况，持續加大對地表水和地下水管理力度，加大工業節水和農業節水力度，呼倫貝爾市中水回用平均每年配寘中水約4000餘萬立方米，地下水灌溉總面積達334.34萬畝。截至2021年末，農田灌溉水有效利用係數達到0.644，有效節約了農業灌溉用水，全市縣域節水型社會建成率達到57%。“十三五”期間，全市實際用水總量、萬元工業增加值用水量、萬元GDP用水量、農田灌溉水有效利用係數完成自治區各項控制目標，通過用水總量和用水效率的雙控制，全面推動生態產業化、產業生態化發展。

呼倫貝爾市委、市政府認真貫徹中央、自治區關於全面推行河長制的決策部署，從上到下狠抓落實。2017年，呼倫貝爾市建立河湖長制。截至目前，各項制度體系日臻完善，落實四級河湖長2100餘人，串聯起治水“責任鏈”，巡河巡湖實現常態化；率先啟動河湖清理專項行動，與“清四亂”專項行動無縫銜接，不定期督查暗訪層層壓實責任，對問題隱患精准發力，解决了一大批河湖問題，市域內河湖面貌不斷煥新，水生態環境顯著改善，河道行洪能力明顯提高，羣衆幸福指數不斷提升。

“十三五”以來，呼倫貝爾市創新建立科學規劃機制、政府主導機制、面向市場機制和强化監管機制等4個采砂管理機制，推動全市砂石行業健康有序發展；建立完善“河湖長制＋司法”河湖管護模式，深化公益訴訟與河湖長制工作融合，建立起“河湖長制＋檢察”“河湖長制＋法院”工作模式；與毗鄰地區跨省建起市縣流域治理保護工作協調合作機制，實現多主體協同、多要素發力、多措施並舉的跨區域河流聯防聯控；靈活利用衛星遙感影像平臺和無人機等設備為摸排工作提供科技助力；全市完成844條河流和88個湖泊的劃界成果覆核及上圖工作，編制完成《市級河湖岸線保護與利用規劃》並經市政府批復實施，為岸線資源規劃、保護與利用提供科學指引。