1929年9月，陳獨秀與彭述之、尹寬、鄭超麟等人自行組織“中國共產黨左派反對派”，陳自任總書記。11月15日，中共中央政治局通過了《關於開除陳獨秀黨籍並批准江蘇省委開除彭述之、汪澤楷、馬玉夫、蔡振德四人决議案》。1932年10月15日，陳獨秀在上海被逮捕，經江蘇高等法院審判後押至老虎橋監獄服刑。1935年1月13日，陳獨秀又被自己所在的託派組織開除。抗戰爆發後，中國共產黨高舉抗日民族統一戰線大旗，提出釋放一切愛國的革命的政治犯。1937年8月23日，在中共統戰政策感召和多方人士的共同努力下，陳獨秀提前出獄。

陳獨秀被開除中共黨籍後，沒有變節，繼續從事反對國民黨反動派的革命活動。在國民政府的法庭上，他激情自辨，痛斥國民黨反動政府，為自己建立共產黨、要解放工農、要推翻反動政府的正義性作辯解。在獄中和出獄後，他屢次拒絕國民黨的高官厚祿的利誘，表現出富貴不淫、貧賤不移、威武不屈的崇高氣節。

而對自己革命的引路人、曾稱“陳獨秀對我的影響也許超過其他任何人”的毛澤東，對陳獨秀也是念念不忘。在中共不同的歷史時期，毛澤東曾多次談及陳獨秀。如1942年3月30日，毛澤東在中共中央學習組發言時說道：“陳獨秀是五四運動的總司令。現在還不是我們文宣陳獨秀歷史的時候，將來我們修中國歷史，要講一講他的功勞。”又如1944年4月12日，毛澤東在《學習和時局》中再次指出：“我黨歷史上，曾經有過反對陳獨秀錯誤路線李立三錯誤路線大鬥爭，這些鬥爭是完全應該的。但其方法有缺點：一方面，沒有使幹部在思想上徹底瞭解當時錯誤的原因、環境和改正此種錯誤的詳細辦法，以致後來又可能重犯同類性質的錯誤；另一方面，太著重了個人的責任，未能團結更多的人共同工作。這兩個缺點，我們應引為鑒戒。”

1953年2月，毛澤東在考察長江流域的防洪防汛路過陳獨秀的故鄉安徽安慶時，毛澤東和安慶地委書記傅大章談到陳獨秀的時候說：“陳獨秀要辯證來看，他有過功勞的。早期傳播馬列主義，創建我們黨，都是有貢獻的。他還是五四運動的‘總司令’，我在北京大學的時候，他的影響比任何人都大，我是他與李大釗等那一代人的學生。後來他犯了錯誤嘛。”他還特意囑託傅大章照顧陳獨秀的後人。

正是毛澤東堅持辯證歷史唯物主義觀點，將陳獨秀的錯誤置於特定的客觀歷史背景下進行歷史的、辯證的評估，對正確評估黨史人物作出很好的示範，也為當今的黨史研究中全面認識陳獨秀及至摘除長期扣在陳獨秀頭上的不實帽子打好了前提。及至1959年8月，毛澤東再次談起陳獨秀，他說：“他後來去世，那個責任在我，我沒有把他接來。”

那麼，毛澤東為何在晚年提到陳獨秀時仍然自責不已？這要從陳獨秀出獄後說起。

陳獨秀出獄後，拒絕了國民政府對他施以高官厚祿的利誘。而此時的中國，在日本法西斯的瘋狂進攻下，民族衝突已經取代階級矛盾成為中國的主要衝突。為了挽救民族危亡，中共大力開展抗日民族統一戰線工作，國民政府也被迫抗戰。具有高度思想獨立性和敏銳性的陳獨秀，經過認真思考，發生了180度的大轉變：由打倒國民黨轉變為擁護國民黨政府領導抗日，由反對國共合作轉變為擁護國共合作。他開始文宣抗戰，提出“民族利益高於黨派利益”，各黨派“一致承認國民黨一黨政權及其對於抗日戰爭之軍事最高統率權”。陳獨秀還兩次主動地找到當時在南京籌備八路軍辦事處的葉劍英、博古，表示“贊成抗日民族統一戰線政策”，對中國共產黨的抗日民族統一戰線政策表示擁護，並表示願意在黨的領導下工作，想去延安。

中共對於這位曾經的領袖，也表現出極大的關注。早在1937年11月20日，中共中央的理論刊物《解放》發表評論《陳獨秀先生到何處去》就提到：“當獨秀先生恢復了自由以後，大家都在為陳先生慶倖，希望他在數年的牢獄生活裏虛心地檢討自己的政治錯誤，重振起老戰士的精神，再參加到革命的行伍中來。”明提確表示了對他持歡迎態度。

陳獨秀出獄後的表態和行動也受到了中國共產黨的歡迎，毛澤東表示：“可以與陳獨秀先生等形成某種合作關係，以期一致抗戰。……現在我們是團結一切力量抗日，陳獨秀託派如果表示改悔，何嘗不可一起抗日？”

張聞天

在得知陳獨秀提出想去延安的態度後，毛澤東和張聞天代表中共中央提出了陳獨秀來延安的三個條件：1、公開放弃並堅決反對託派的全部理論和行動。並公開聲明同託派組織脫離關係，承認自己過去加入託派之錯誤。2、公開表示擁護抗日民族統一戰線政策。3、在實際行動中表示這種擁護的誠意。

陳獨秀非常高興中共中央的表態，但對公開聲明承認錯誤的條件表示難以接受。董必武受中央之托，專程拜訪陳獨秀，歡迎他回黨工作，唯一的要求是他要寫個書面檢討。陳獨秀回答說：“回黨工作是我所願，惟書面檢討，礙難從命。”還說：“時至今日，誰有過，誰無過，在未定之數，有什麼好寫呢！”林伯渠、周恩來、王若飛、葉劍英等對陳獨秀的回歸亦做了大量的工作。

晚年陳獨秀

陳獨秀性情自信倔强、敢說敢為、義無反顧，又有正義凜然、坦誠直率、實事求是的品格。所以他堅持不寫檢討，錯過了回到黨內工作的最佳時間。因為正在這時，王明和康生1937年11月29日從蘇聯回到延安。尤其是王明，以共產國際欽差大臣自居，妄想竊取中共領導權。毛澤東也意識到了，稱他是昆侖山上下來的人；和王明的第一次集體合影，毛澤東站到了後排。1937年12月9日，在中共中央政治局會議上，王明說：“我們和甚麼人都可以合作抗日，只有託派是例外……在中國，我們可以與蔣介石及其屬下的反共特務等人合作，但不能與陳獨秀合作。”王明還在《解放》雜誌發表了《日寇侵略的新階段與中國鬥爭的新時期》一文，稱“日寇偵探機關……首先是從暗藏的托洛茨基——陳獨秀——羅章龍匪徒分子當中，吸收作這種卑劣險毒工作的幹部”。康生又在《解放》上發表《鏟除日寇偵探民族公敵的托洛茨基匪徒》一文，道出了陳獨秀當日寇偵探的所謂“事實”。《群眾》、《新華日報》等也隨和發表文章。王明和康生給陳獨秀戴上了“漢奸”的帽子，徹底堵塞了陳獨秀回到黨內工作的路子。

中央政治局會議合影，坐在C比特的王明和站在後排的毛澤東。

王明反對陳獨秀回到延安工作，實質是一石二鳥，企圖樹立自己的權威，打壓毛澤東本人。王明提出“一切經過統一戰線”，放弃無產階級對抗日民族統一戰線的領導權，這和毛澤東堅持無產階級在抗日民族統一戰線中的領導權的觀點針鋒相對是對立的。由於王明頂著共產國際和史達林特使的光環，又善於誇誇其談，一時迷惑了不少黨內幹部，毛澤東在王明回國後相當長一段時間，處在少數甚至孤立的地位，這時毛澤東想讓陳獨秀重回黨內肯定是無能為力。

陳獨秀對王明、康生對自己的誣陷，誤以為是中共中央的態度，氣憤不已。1938年3月17日，陳獨秀給《新華日報》寫了一封公開信，質疑中共中央歡迎自己到延安的誠意，表示“百思不得其故”，還說：“我坦白的告訴你們：我如果發現了託派有做漢奸的真實憑據，我頭一個要出來反對，否則含沙射影、血口噴人地跟著你們做啦啦隊，我一生不會幹這樣昧良心的勾當。”並準備“隨時收集資料，將來到法庭算總帳”，致使關係徹底破裂，釀成陳獨秀不能重回黨內的歷史遺憾。

陳獨秀江津故居

既然不能重回黨內，1938年8月，陳獨秀應朋友之邀移居重慶江津。王明失勢以後，周恩來曾多次托人請陳獨秀到延安去，他都委婉地拒絕。1939年，陳獨秀在重慶寬仁醫院養病時，周恩來專門去探望陳獨秀，表示想把他接到延安去，陳獨秀當場拒絕。1942年5月，陳獨秀臥病在床，周恩來在辛亥革命元老朱蘊山的陪同下，赴江津再次看望陳獨秀。朱蘊山說：“獨秀先生，恩來在百忙中，特地從重慶來看望你。”陳獨秀說：“恩來、蘊山，你們好！你們來看望我陳某，不勝感激。”周恩來此次前來拜訪，仍然繼續勸說陳獨秀，希望他到延安去，並表示這是毛澤東的意思。陳獨秀說：“李大釗死了，延年死了，……除周恩來、毛澤東，黨中央沒有我可靠的人了，我也落後了，年紀也大了，中央開會，我怎麼辦呢？我這個人又不願被人牽著鼻子走，我何必弄得大家無結果而散呢。”臨走時，周恩來留下的100塊銀圓，陳獨秀也堅持退了回去。

1942年5月27日，風燭殘年的陳獨秀在貧病交加中溘然辭世，終年63歲。1980年，據陳獨秀的表弟、同時也是陳獨秀老虎橋監獄的獄友濮清泉在《我所知道的陳獨秀》寫道：“假使陳獨秀在十年或二十年前，噩耗傳來，無疑將引起全中國或者全世界的大衝動；可是這個時候，他的死不過像一片小小的瓦片投到大水裏，只在水面上略略掀起幾圈微波。死非其時，這情景對於一比特怪傑的隕落真是最淒慘不過的。”