清朝的總督承襲明制，在開始階段比較亂，尤其是西北方向戰事緊張，川陝總督和陝甘總督時設時廢，有時候並存。清朝總督明確的範圍到了乾隆時代最終定型，分為直隸總督、兩江總督、兩廣總督、湖廣總督、閩浙總督、四川總督、陝甘總督、雲貴總督，這個格局一直維持到清末，清末東三省建省，設立東三省總督。全國除了總督轄區外，還有些不設總督的區域，如山西、河南與山東地鄰京師，只設巡撫不設總督。西藏設駐藏大臣，內外蒙古和青海是蒙旗制，東三省和新疆一直是軍府制，後來改為行省制。

直隸總督管轄區域為直隸一省，但是卻為疆臣領袖，因為其地處京畿，位望最為隆重。資深的總督還帶大學士銜，這樣就成為了正一品的高官。直隸總督早期階段，尚有直隸巡撫牽制，但後來直隸巡撫一職被取消，總督兼理巡撫事，節制提督。有名者如李紱、李衛、劉墉、琦善、譚廷襄、曾國藩、李鴻章、袁世凱等。

兩廣總督管轄廣東廣西兩省，海南當時也在廣東的範圍內。兩廣總督所轄區尤其是廣東經濟富庶，是僅次於兩江的富庶區域，同時廣西毗鄰越南，也兼顧著對外防禦的重任。兩廣的廣州一直是整個清朝最重要的港口之一，一段時間內還是唯一的對外港口，相當長時間內兼顧外交重任。有名者如馬爾泰、尹繼善、李侍堯、孫士毅、福康安、鄧廷楨、林則徐、琦善、葉名琛、曾國荃、劉坤一、張之洞、譚鐘麟、鹿傳霖、岑春煊等。

湖廣總督管轄湖北湖南兩省，兩湖之地經濟也不錯，而且位置居中，長江流經此地，武漢地處長江中游，是最重要的江口都市，處於通衢之地。晚清以來湖廣的地位比較高，因其鄰江有重要的江口，成為全國新的經濟重心之一。有名者如陳輝祖、林則徐、李鴻章、李瀚章、張之洞等。

閩浙總督管轄福建浙江兩地，臺灣在清朝長期處於福建的轄區內，即便後來建省也得靠福建支撐。閩浙管轄地區經濟條件也還可以，全部是沿海省份，所以海防是重任之一。福建則是全國當時綠營兵駐紮人數最多的地方，且分設水陸兩個提督。有名者如鄧廷楨、左宗棠、錫良、昇允、端方等。

四川總督管轄四川一省，四川轄區內部各民族聚居比較多，尤其是藏族事務比較繁重。所以四川總督雖然只管轄一省，但卻兼顧了面積龐大的整個西藏地區。每逢川西或西藏有事，四川總督都得一馬當先，要麼衝鋒在前，要麼保障軍需。有名者如阿勒泰、鄂輝、孫士毅、和琳、駱秉章、丁寶楨、劉秉章、鹿傳霖、趙爾巽、趙爾豐等。

陝甘總督管轄陝西和甘肅兩省，晚清新疆建省後，又兼顧新疆。此外青海各部雖屬於青海蒙古八旗，但是管轄的西寧辦事大臣一直隸屬於甘肅的區域內，陝甘總督有時候還得照顧青海，這樣陝甘總督成了清朝管轄區域最大的總督，直接間接的管轄了陝西甘肅新疆青海四個地方。陝甘同時也是清朝內陸邊防最嚴峻的地區，戰事也最多，駐軍也最多，所以總督之任者十分注重其軍政能力。有名者如尹繼善、黃廷貴、福康安、楊遇春、林則徐、鄧廷楨、左宗棠、楊昌浚、譚鐘麟、昇允、長庚等。

雲貴總督管轄雲南和貴州兩省，雲貴總督估計是全國海拔最高的管轄地域了。雲貴境內的民族十分多，而且還與緬甸和雲南接壤。既要處理境內的苗疆民族事務，又要注意邊境防務，有時候還得照料滇西北的藏區事務，而且距離京師遙遠，路途艱難，雲貴總督也恐怕是全國最難的總督了。有名者如鄂善、趙良棟、鄂爾泰、蔣廷錫、尹繼善、吳達善、李侍堯、明瑞、鄂輝、岑毓英、王文韶、岑春煊、李經羲等。

東三省總督管轄黑吉遼三省，是最年輕的總督。東三省一直是清朝的發源地和老家，長期以來被處於封禁的狀態。晚清最後幾十年，東北邊防危機一日甚過一日。外東北百萬國土被割讓，十年內遭遇兩場大戰，險些被沙俄割走。痛定思痛之後於1907年建省設立總督。三任總督分別是徐世昌、錫良、趙爾巽。

但是晚清最後幾年，清政府欲加强中央集權和皇室權威，開始大量重用滿蒙皇室親貴，排斥漢族武裝集團及其接班人後代，但這觸動了已經在地方經營幾十年的漢族士紳的利益，一定程度上漢族武裝和士紳的不支持也導致了清政府的滅亡。