在人們的印象中，青海是遠離中原的少數民族地區，這裡多是濃郁的民族文化，而少有正統的中原文明，其實，這是人們對青海的誤讀，青海作為唐蕃古道上重要的節點，這裡遺存了許多歷史悠久的中原文化古迹，比如有著青海小故宮的瞿曇寺便是其中最為典型的代表。

瞿曇寺是一座明代漢式宮廷建築風格的古刹，素有''小故宮''之稱。整個寺院依山傍水，高低錯落，氣勢宏偉。全寺有三個院落，由山門、左右碑亭、金剛殿、瞿曇殿、寶光殿、隆國殿、護法殿、三世殿以及左右回廊、鐘鼓樓等主要建築組成。

整個寺院建築占地41.36畝，整個佈局和殿堂的飛簷、斗拱、畫棟、藻井等具有明代宮殿風格，寺內現存明代漢藏文對照禦制碑，明清匾額10塊、明宣德二年鑄造的青銅巨鐘1口、香爐3鼎、明鈸、象牙佛珠、檀香木佛珠、石雕米拉日巴像以及明清統治者所賜金印、象牙印、景泰藍花瓶等許多珍貴文物。

瞿曇寺是典型的中原文化與藏傳佛教相結合的寺廟，而且主體建築皆為明代宮庭式建築，追溯其歷史，從初建到後來的擴建，都與明王朝的大力扶植息息相關，雖說是青海小故宮，但他的建成時間其實比北京的故宮還早。

明洪武二十二年（西元1389年），因招降蒙古罕東等部之功被朱元璋請到京城，尊為上師，並頒旨由明廷撥款，于洪武二十五年（西元1392年）建寺，翌年寺院建成，朱元璋敕賜''瞿曇寺''匾額，加封三羅喇嘛為西寧僧綱司都綱，統轄當地十三族。

到了永樂年間，明成祖為了擴建瞿曇寺，還曾派太監孟繼為欽差，到瞿曇寺負責修建寶光殿、金剛殿及兩廊和前山門等。永樂十四年（西元1416年），封三羅喇嘛之侄班丹藏布為''灌頂淨覺弘濟大國師''，並頒給鍍金銀印一枚，上鐫''灌頂淨覺弘濟大國師璽''字樣。明宣宗時又頒旨增修隆國殿、後鐘鼓樓、左右回廊及碑亭兩座。

明代歷朝皇帝為瞿曇寺賜匾額、修佛堂、立碑記、封國師、賜印誥，以瞿曇寺為紐帶，加强對河湟流域以及柴達木地區的統治。三羅喇嘛的家族成員定居瞿曇寺一帶，世代為當地土官，該家族因來自卓壟，故稱''卓倉''，當地發音作''角倉''，後來逐漸成為樂都南山地區的地名。

一直以來，瞿曇寺都是樂都山南地區最大的寺廟，鼎盛時期，寺裡的僧眾曾達到500多人，清朝末年為300多人，後來經過戰爭等因素，到了解放前夕已經縮減為60多人。1958年前夕，該寺僅餘18戶34人（其中活佛2人（智合倉活佛倉成善、卓倉居巴倉活佛梅居巴），完德12人）。

新中國成立後，瞿曇寺受到國家重點保護，除原來的僧舍19院197間减少為6院66間外，其他近400間殿堂建築完好。現在的瞿曇寺是青海保存完好的藏傳佛教寺院之一，而且也是全國重點文物保護單位、國家AAAA級旅遊景區。

瞿曇寺裡面現存有為數眾多的文物，比如明清御賜匾額十塊，明朝宣德二年所鑄青銅大鐘一口，香爐三鼎，明鈸、象牙佛珠、檀香木佛珠，米拉日巴石雕像，明清皇帝所賜的金印、景泰藍花瓶、象牙塔等許多珍貴文物，其中最為引人注目的是''象背雲鼓''。那是一隻石雕臥像，背上托起木雕的疊雲，疊雲架起一面真鼓。據說北京奧運會火炬上的祥雲就源自於此。