清兵入關時，受到了漢人的奮力抵抗。明朝雖亡了，但是處於南方的各省依舊抵抗不斷。想要繼續用武力征服漢人，當時的兵力完全不够。為了鞏固統治，肅清明朝餘孽，保證全國各地的安寧.當時清廷將吳三桂封為平西王鎮守雲南、，封尚可喜平南王鎮守廣東，封耿精忠靖南王鎮守福建，鎮壓漢人反抗，以達到“以漢制漢”的目的，史稱“三藩”。當時三個藩王實際總兵力加起來有了全國軍事力量的一大半，三個藩王之中以吳三桂的兵力最多。憑著吳三桂對清兵入關的貢獻，他所受封的平西王爵位是親王級別，享受與皇帝的兄弟一樣的待遇。吳三桂當時不僅管著雲南，還兼管貴州。

吳三桂在雲南貴州做大，攬鹽開礦鑄銅，操縱市場，發行自己所鑄的銅錢稱為“西錢”，在雲貴一帶流通。雲南的官員全部由吳三桂一人任命，稱為“西選”官員。在整個雲貴地區，吳三桂就像是個土皇帝。當時的康熙帝還很年幼，沒有辦法呀，對吳三桂的行為只能是睜一隻眼閉一隻眼。為了穩住吳三桂，康熙帝的親姑姑都嫁給了吳三桂的兒子吳應熊。但是吳應熊只能呆在北京，不得擅自離開。吳三桂知道，這是朝廷在顧忌他，將自己的兒子做為人質了。

清政府明白三藩的勢力對中央政權的集中一直構成威脅，同時也是當時政權不穩定的根源之一。率土之濱怎麼可能有國中之國呢？於是順治十七年，清政府就以賦稅壓力過大為由，命令三藩縮減軍資，也就是裁軍。最後原本六萬的軍隊精簡到兩萬四。去掉將近三分之二，可見當時朝廷對吳三桂等人在兵權上的削弱。

康熙二年，康熙帝說雲貴地區已穩定啦，無需太多的軍事活動呀，平西大將軍的位子可以不要了，順勢收回了吳三桂的印信，也就是所謂的兵符。康熙六年，設雲貴總督，同時下令雲貴兩省的巡撫要直接聽命於中央政權，官員都直接歸朝廷任免。等於從此以後，在雲南沒吳三桂什麼事了，你想呀，這官員都不是自己人了，咋在政壇混呀。這是對吳三桂在雲南的司法政權上削弱。

康熙十二年，鎮守廣東的平南王尚可喜上奏朝廷，說自己年事已高，請求回遼東老家養老，望恩准他兒子繼承平南王的爵位。康熙帝可不傻，怎麼還會答應爵位繼承呢？撤銷尚氏的藩封，遣返原籍的消息一出。吳三桂，耿精忠二個人商量著，也分別請撤藩，目的是試探皇帝對他們的態度。康熙頂著壓力，决定吳耿二藩同時撤去。

其實早在康熙帝剷除鼇拜後不久，吳三桂就意識到了危機。得知康熙同意自己撤銷藩比特的决定後，吳三桂深知兵權也沒了，一旦自己藩王的身份不復存在，後代能否保有富貴就需要打一個問號。而且到時候康熙想他什麼時候死他就什麼時候死。算計來算計去，得，兔子急了還咬人呢。咱先下手為強吧，吳三桂沒有顧及自己在北京兒子的生死，也沒有顧忌自己已經61歲的高齡，他直接殺死當時支持撤藩的雲南巡撫朱國治，發佈檄文，自封天下都招討兵馬大元帥，公開叛變清朝政府。吳三桂的軍隊由雲南、貴州出發而開進湖南，很快佔據湖南、四川。當時的南方幾個大省福建、廣東、廣西、湖北、還有臺灣等地都留有漢官、漢兵，在得知吳三桂要反清複明後，紛紛響應。給當時的清政府帶去極大的壓力。

清朝在經歷初期的慌亂後，於康熙十七年逐漸穩住局勢，康熙二十年最終平定這場著名的三藩之亂。前後歷經八年的時間，付出了慘痛的代價。

吳三桂年老了一心想在雲南稱霸為王，與朝廷平起平坐，將藩地傳給自己的子孫後代，實則是利慾薰心，被康熙皇帝當時一系列的政治手段操弄，逼迫而反，也是個可悲的人物。