兩京制度又叫陪都制度，也就是說一個朝代有兩個都城。這一制度並非明朝獨創，早在西周的時候就有了。

西周初年，當時周王室的都城在鎬京（今天西安附近），一度把雒邑（即洛陽）作為陪都。

後來漢、隋、唐、北周等多個王朝，都採用過兩京制度，囙此說兩京制度在我國有著悠久的歷史，只不過明朝把這一套制度搞得與眾不同。

1368年，朱元璋在南京稱帝，就曾經看中了河南開封（當時叫汴梁），把它當作陪都。

朱元璋為此下詔：“其以金陵為南京，大樑為北京，朕於春秋往來巡守”，直到十一年後，朱元璋才取消了其“北京”的稱號。朱元璋也曾在自己老家大興土木，將自己家鄉臨濠（今安徽鳳陽）定為中都，但沒有在那裡設定中央權力機构，根本就不能算陪都。

明朝兩京制度真正建立，是在永樂皇帝朱棣“靖難”篡位成功之後。

由於北平是朱棣的根據地，在此經營多年，而且北方蒙元殘餘勢力虎視眈眈，燕地戰畧地位非常重要；囙此即位的第二年（1403年），就把北平改為北京，打算把它所謂首都。

不過剛開始的時候，北京地位是“行在”，是天子落脚的地方。

直到永樂十九年（1421年）正月，明朝中央政府才正式遷都北京，原來的首都應天府稱南京。

明朝兩京制度最大的不同在於，是權力機构搬到北京之後，在南京還保留了一套正常運行的權力機构；而前朝的兩京只是象徵性的，並不能算是什麼制度。

那麼，朱棣這樣做，會引起混亂嗎？

首先在政治地位上南京跟北京不能同日而語，南京在當時只是“留都”，也就是“置官留守的首都”，它的政治功能也不能跟北京相比，充其量它只是南方的經濟、文化中心而已。

當時的南京，雖然表面上看，保留有六部、都察院、五府等行政機構，甚至內廷的太監體系依舊存在；但是南京各衙門的官員人數不能跟北京相比，不算標配。

雖然政府機構的官員品級不比北京低，但是南京各部門官員的頭銜只是榮譽即虛職，管理範圍也只限於南京。

說白了這些官銜不低的政府官員，上班之後無所事事，基本上是一杯茶、一根烟，一張報紙看半天混日子，史書上把這些官員稱之為“吏隱”。來這裡工作的人，多半年老體衰，或者犯了小錯，政治生命已經終結。也就是說，如果哪個官員由北京調到南京赴任，等於說朝廷不再重用你了。

不過南京還有一個作用，那就是成為安置那些曾經為大明建立下汗馬功勞的，那些大臣的後代。

比如開國第一功臣徐達的後人魏國公徐弘基；開國第一戰將常遇春的後人懷遠侯常延齡；開國第一智囊劉伯溫的後人誠意伯劉孔昭等。

把這些人安置在南京，一則不佔用京城資源；二則也省的他們在北京無事生非，搞出什麼事端，降低了這些人在朝中的影響力。

也就是說，南京那些聽起來很雷人的機构，裡面的官員不外乎是沒有政治前途的官員和國家功臣的後代以及部分太監。

說這些機构是政府職能部門，有點言過其實，實質上就是一個養老部門。要說南京的官員全部是吃閒飯的也不客觀，畢竟南京地區的稅賦、治安、行政、司法還是有人要負責的，而負責這些事務的官員，都是朝廷重用的官員，他們的政治地位也跟全國各地的地方官相同。

作為留都的南京，安置退休官員，被貶官員和功臣後裔讓北京政局更加穩定，表面上看起到了積極作用；但它帶來的負面作用也是非常明顯的。

因為明朝中後期，黨爭愈演愈烈，在北京官場失意的官員雲集南京，聚集在一起指點江山、激揚文字，國事家事天下事事事關心，結成政治同盟，加重了明朝的內耗。

也就是說，由於南京的特殊地位，為結黨營私大開方便之門，讓它成為反對派興風作浪的大本營，反戈一擊的堡壘。

囙此也可以說，兩京制度加劇了明朝的黨爭，為明朝滅亡埋下伏筆。

不過總的來說，明朝兩京制並不是兩個相互平行的中央政權，北京南京的關係是上下隸屬關係，不會發生混亂的現象。