明太祖朱元璋，也與歷史上其他封建帝王一樣，極端重視自己的葬身之處。其目的和用意有二：他們都相信人死後成鬼，鬼也要生活，當皇帝的鬼要過著如生前一樣的高貴生活。所以一定要把葬身的地方親自建設得滿意；他們又都相信陰陽五行的“風水”之說，認為自己會當皇帝，是祖先葬在龍脈上的原因。為了自家天下傳至萬世，所以自己也一定要尋找“風水”最好的地方來埋葬屍骨。

為了這件事，朱元璋也切實化了一番苦心。歷代相傳，自春秋時期楚威王說南京的鐘山有“王氣”，在西元前333年在此掘土埋金以鎮之，鐘山才有最早的山名叫金陵山。西元前210年秦始皇東巡會稽（今浙江紹興），途經吳（今江蘇蘇州）時又聽“望氣者言，五百年後金陵有天子氣”，就下令開鑿鐘山，“通流以泄王氣”。看來朱元璋是相信這些傳說的。他為朱家的王氣不斷，在登上皇位以後，就决定在鐘山建造自己的陵墓。

鐘山方圓60裏，到底哪裡是“風水寶地”的“龍脈”所在？在哪裡建墓最好？

為此，朱元璋請出精通陰陽五行之說的劉基，帶著自幼一起成長的開國功臣徐達、湯和，四人同行，遍踏鐘山選址，並規定不得明言，每人把自己認為最好的地方寫好後藏在衣袖之內，然後一起亮出。結果，不約而同，三人都選定了今天明孝陵這個位置。就這樣，最後決定了朱元璋死後的葬身之處。

“鐘山龍蟠”。自古人們以龍比喻鐘山。朱元璋他們選中的這個地點的名稱，叫做“獨龍阜”；針對其上，名為“玩珠峰”。這裡，不是一片荒原，而有一所著名的古刹建在上面：南朝劉宋元嘉年間（424—453年）建立的道林寺（洪武初改稱蔣山寺）和名僧寶志塔。儘管朱元璋出身和尚，為了祈求朱氏帝系萬世，也顧不得佛祖了。為建他的墓，也就橫下心來請寺廟和名僧塔一起搬家了。

洪武十四年（1381年）蔣山寺及寶志塔遷建於東崗，改名為“大靈穀寺”（明代靈穀寺毀於太平天國戰爭，僅存無梁殿。現寺廟是清末同治年間新建）。蔣山寺南的小山崗，因為東吳大帝孫權的陵墓所在而稱孫陵崗（今名梅花山），劉基曾建議在遷寺的同時一併遷走，卻遭朱元璋的否决。其理由是：“孫權亦是好漢子。留他看門！”

寺廟遷走，立即開始破土建墓。墓由地下墓室與地面殿宇兩大部分組成。工程由朱元璋的同鄉、崇山侯李新負責，從洪武十四年到洪武十六年（1381～1383年），花了3年時間，基本上完成了規模宏大的陵墓建築。可惜百餘年前地面建築毀於戰火，僅存碑刻、神道石像生、方城和寶頂等不易焚毀的建築物。

洪武十五年（1382年）八月，皇后馬氏死。朱元璋親自於九月將皇后送入孝陵；同時，把死於洪武七年（1374年）的愛妃成穆貴妃孫氏一併附葬入內。16年後，洪武三十一年（1398年）閏五月初十日，“素少疾病”的朱元璋，“臨朝决事不倦，如平時”，在會議上突然發病，含笑死去。終年70歲。6日後葬入孝陵。據《明太祖實錄》記載，朱元璋有遺囑，要求喪事從簡，一律不用金、玉陪葬；陵墓建築“因其故”，不要再加建其他；“天下臣、民”只在出棺送葬時戴孝致哀，三日後便可脫下孝服，一切照常，嫁娶喜慶，一概無妨。

至於是否真的墓內沒有金、玉，這尚待孝陵發掘後始得證實。但是，自東漢時廢止活人殉葬的制度，卻在千年後的孝陵中復活。史籍記載，宮女附葬有46名。而近年來在孝陵西面，今中山植物園範圍出土了數座宮女墓，得到了殉葬的實證。這到底是朱元璋的本意，還是大臣們在他死後的獻媚，尚不得而知。這一歷史的倒退，直至1464年才由明英宗朱祁鎮在遺詔中下令而廢止這一殘酷的奴隸社會的惡習。

南京孝陵是朱元璋的陵墓，朱元璋的屍骨存放在墓中，本應該沒有疑問。可是，南京民間的口碑和入清以來一些私家史著中存有異說。諸如說朱元璋因殺人過多，為防止別人報復掘墓，學曹操搞“疑棺塚”，把自己真身埋在別處。說出棺時，南京13座城門同時出棺，造成人們不知哪是真棺；有說真身埋在城內朝天宮山內，有說埋在北京煤山（今景山公園）土下，並有人還賦詩說由此造成“後來孝陵傳夜哭，應緣馬後悲孤獨！”當然，這些說法都非事實，均屬小說家的造作。

“蓋棺論定”。縱觀朱元璋70年（1328～1398年）歷史活動的內容及其實質，對朱元璋其人其事，應該有一個正確的判斷。

首先，朱元璋在我國長達2000多年的封建社會中，是唯一的一比特出身於真正平民百姓的皇帝。就是常為朱元璋奉為唯一同類的漢高祖劉邦，還是一方的“亭長”出身。戰國時，農村的基層政權形式為鄉、亭，十亭為一鄉。亭長相當於民國時期的保長，負責本亭治安、訴訟和民事處理。只有朱元璋是歷代貧困，吃盡人間的苦，直至出家為僧求得活命的皇帝。

第二，朱元璋是我國古代封建社會中的一比特卓越的政治家和軍事家。他的軍事才能與政治才能並不是天生的，而是在他的長期浴血奮鬥中鍛煉出來的，是時勢造就的英雄人物，如沒有元末政治的腐敗，沒有遍及全國如火如荼的農民戰爭，就不會有朱元璋的加入；如果沒有在反元戰爭與群雄角逐中鬥智鬥勇的磨練，朱元璋就不會有縱橫捭閩的技藝、洞察全域的眼光、決戰決勝的本領、綜理國政的才能。

朱元璋也有他的黑暗面。他和所有的封建帝王一樣，為了確保朱家的天下萬世不變，對敢於反抗的人民便進行無情地鎮壓，對於知識份子則採取嚴格的思想控制（如推行文字獄等），實行集權政治，特別是猜疑和殺戮大批開國功臣並株連無辜等方面也超過了前代君王。