曹操雖然從不把漢獻帝放在眼裡，但是他和漢獻帝之間又存在著一種微妙的關係。可能很多人都會不解，曹操為什麼不敢廢掉漢獻帝自己稱帝，其實曹操內心也是顧慮繁多，如果就這樣强行結束掉漢室那天下人就會把曹操當做逆賊看待。畢竟當時天下還沒被統一，這時候稱帝並不是最好的選擇。而漢獻帝想讓位都讓不出去，整天還提心吊膽的生怕曹操不高興把他殺了，其實曹操殺誰也不敢殺他啊。

劉協雖說是傀儡，但並不是昏庸無能的君主。他不同於白癡皇帝晋惠帝，也不同於樂不思蜀的蜀漢後主劉禪。在備受壓抑拘束的生活中，劉協身上不時閃耀出才幹的火花。

十常侍之亂的時候，劉協和少帝劉辯被宦官挾持逃出宮外，正倉惶間，迎面遇上董卓率領的三千隴西鐵騎賓士而來。小皇帝劉辯見到這樣的情形，嚇得渾身哆哆嗦嗦，雙腿戰慄，口不能言。小皇帝手下的內侍太監和一眾文官也都沒人敢出口大氣，只怕稍有閃失，便惹來殺身之禍。

此時，劉協挺身而出，問董卓：“你是來劫駕，還是來救駕？”董卓見是一個小孩，不由一愣道：“當然是來救駕！”劉協高聲道：“既然是來救駕，為何見了聖上不跪！”遂朝少帝劉辯指了指說：“這就是當今天子，你還不下跪！”當時的劉協才九歲。能以稚齡之年面對這麼大的陣仗而毫不慌亂，實屬膽識過人。

據說，董卓正是因為這次經歷，對劉協印象深刻，日後扶持他為新皇帝的。

興平元年，天大旱，長安城內，穀一斛值錢三十萬，人相食。獻帝令侍御史侯汶開倉濟民，餓死者如舊。獻帝懷疑侯汶作弊，於是，親自檢驗，用米、豆各五昇於殿熬粥，竟有兩大盆之多，和平時大不相同，輕而易舉地弄清了侯汶的假公濟私。結果是侯汶被當眾杖責五十，很多饑民及時得到了賑濟。

顯然，魏國君臣也承認劉協的聰明睿智。在《諡法》中，“獻”的解釋是“聰明睿智曰獻”。而劉協死後的諡號就是“漢獻帝”。

建安元年，劉協逃離戰亂連綿的關中地區，來到已是一片廢墟的舊都洛陽。在洛陽的幾個月裏，漢王朝的宮廷只能在城西殘留的、原大太監趙忠那座勉强有四壁的破落院子裏臨時辦公。大臣數十人，其中尚書郎以下的大臣必須自己去城外採摘野菜充饑。他們與饑民、亂兵一樣，你爭我奪。體弱的人就再也沒有回來。但是劉協非常喜歡這樣的生活。因為只有在殘破的洛陽，他才是真正的皇帝，可以獨立自主地發號施令。這樣的感覺是他夢寐以求的，儘管他的命令只在小小的洛陽城內部有效。為此，劉協正式改年號為“建安”。

遺憾的是，曹操隨即率軍來到了洛陽。劉協正式見到曹操時，後者已經是飽經征戰，佔據中原腹地的大軍閥了。當時，幕僚們對曹操說，主公應該迎接困居在洛陽的皇帝，拯救形勢危如累卵的朝廷。當然，也有人反對，說為什麼要搭理那個只能算作是洛陽縣令的倒楣小皇帝？曹操明智地决定，迎接皇帝，挾天子以令諸侯。一個“挾”字决定了劉協後半生的命運。

劉協的朝廷跟隨曹操大軍遷都到了許昌。曹操集團以許昌為中心，不斷擴大勢力範圍。他擊垮了北方佔據冀、青、並、幽四州的袁紹；取下了盤踞在東南方向淮南的袁術和割據東邊擁有徐州的呂布的頭顱；安撫了西方割據關中的韓遂與馬騰集團；招降了割據西南方向宛城的張繡集團。外圈遼東的公孫度、幽北的烏桓、河套長城沿線的匈奴都紛紛向曹操低頭，向劉協稱臣。曹操幾乎是親手梳理了一遍中原大地，塑造了一個新的王朝的雛形。在晚年，曹操曾下詔明志：“天下若無孤，不知幾人稱王，幾人稱帝？”的確，如果沒有曹操，不知道會有多少人在劉協生前南向稱帝，又有多少人會稱王一方。

在許昌的日子是劉協過得最安逸、最穩定的時期。他享受到了作為帝王的一切表面權威。隨著曹操大軍不斷取得勝利，劉協手中的大漢王朝似乎實現了“中興”。一個新的統一國家眼看就要從亂世的廢墟中崛起了。可這不是劉協想要的生活。劉協也嘗試著掙脫“傀儡”的命運，但沒有成功。與曹操的其中一次交鋒，就是名揚後世的“衣帶詔”事件。建安四年，十八歲的劉協任命岳父董承為車騎將軍，秘密寫下衣帶詔賜給董承，授意董承聯絡漢室大臣諸侯，聯合剷除曹操。

官渡之戰前夕，董承聯絡西凉馬騰、左將軍劉備，動員自己掌握的軍隊在許昌宣稱受漢獻帝“衣帶詔”，發動兵變。曹操毅然回兵董承，平定劉備在徐州叛亂，再次派遣衛覬入關，穩定韓遂、馬騰集團。“除曹”行動尚未展開，與謀者董承、吳子蘭、種輯等人就被滅三族了。劉協還曾授意自己的另一比特岳父伏完籌畫地下組織，再次遭到了失敗。為此，劉協付出了許多血的代價：他的岳父董承被滅了三族，董承之女董貴妃和腹中胎兒被一併誅殺；貴為皇后的伏氏及兩個皇子連同伏氏的家族也成了曹操刀下之鬼……劉協處理與曹操的關係面臨著一個兩難困境。一方面，劉協的小朝廷全賴曹操的支持，全靠曹操大軍拓展疆土；但另一方面，曹操打下的江山卻不再姓劉了。作為能力出眾、又一心希望中興漢室的君主，劉協為什麼扮演了一個令人同情的末代皇帝的角色呢？宋元之際的史學家胡三省是這樣評估漢獻帝的：漢獻帝並不是一個昏庸無能之輩，之所以在他手裡終結東漢一朝，是因為他只不過是一空頭皇帝，“威權去已”。