1861年秋，李秀成由湖北回師，他沒有率軍進入安徽參加安慶之戰，而是入江西，在江西鉛山會合從石達開部脫離歸來的童容海，吉慶元、朱衣點等人十萬餘人，順利進入浙江，勢如破竹，12月底包圍和佔領杭州，這是太平天國第二次佔領浙江省城。

這次與1860年那次的佔領不同，那次主要是為了調動分散江南大營兵力，然後回援天京，佔領杭州是來去匆匆，那次連城內的內城滿城都無暇顧及沒有攻下。

李秀成這次大軍壓境可謂志在必得，在包圍滿城後，並未立即發起進攻，他做了兩個事情，一是上書洪天王請求放城內滿人一條生路，不用强攻；二是給滿城守將瑞昌寫信，稱各為其主，商請攜眷離去，不加傷害，可保城內所有人性命無憂。三天后李秀成接到洪天王特許的詔書，但瑞昌卻嚴詞拒絕了李的建議，李秀成不得不攻城。

瑞昌率部頑強抵抗，城裡婦孺老幼都上了城牆，有若當年太平軍攻打南京內城時的慘烈，攻破滿城據說用的是人海戰術，太平軍戰士前赴後繼，直至同伴的屍體堆至與城頭齊平才登上滿城，瑞昌包括城內所有滿人盡數被殺死。

杭州城雖然被破，但李秀成獲得的是一座饑餓之城，因杭州周邊是魚米之鄉，盡是糧倉，故民間都不儲糧，但戰爭一來，糧荒就出現了，城未破時浙江巡撫王有齡命他的患難之交胡雪岩，越過封鎖線去上海購糧，胡雪岩買了糧自海道運回來，但此時杭州城已被太平軍攻破了，購糧的船隊停在江面不知如何是好，後左宗棠率老湘軍到達錢塘江，胡雪岩就將糧食全獻給了老湘軍，受到了左宗棠的嘉獎，兩人就此拉上了關係，此後10多年胡雪岩頭戴紅頂縱橫商界，背後的大佬就是左大帥。

浙江巡撫王有齡，是一個窮書生出身的頑固官僚，在清廷內部獲有清正、廉明的虛名，典型的清流，城破後他逃跑不了只得躲進後園自殺，李秀成為籠絡人心，將他按太平天國王爵的規格入殮，還命500護衛護送靈柩回原籍。布政使林福祥、總兵米興朝等一干高級官員，實施勸降，勸降不從者發放盤纏護送出城讓其自行離去。之前講過這是他與陳玉成的做法不同之處，要是陳玉成勸降不從就下令一刀哢嚓了。

李秀成對得到杭州非常滿意，因為杭嘉地區物產富饒，人丁興旺，不似江淮、蘇南地區因多年戰爭田地荒蕪，人烟稀少，李秀成曾多次說：“我有蘇州，沒有杭州，猶如飛鳥缺了一翼。”如今他蘇杭兼得，自然雙翼兼有，可以飛翔了。