在古代一些巫術祭祀活動時，曾經有過使用人骨做成器皿祭祀的記載，在奴隸社會也有過類似的記載。而秦漢之後因為骨質器皿太過野蠻殘暴，這種殘忍的現象漸漸被杜絕。而在之後歷史上曾經出現過幾次將人骨之稱器皿的實例，例如南北朝時期北齊開國皇帝酒醉發瘋之後將自己的愛妃薛嬪砍頭，當著滿朝文武的面將薛嬪的髀骨做成了人骨琵琶彈奏，朝臣都是戰戰兢兢。

而南宋的皇帝宋理宗的頭骨也被人做成了人骨器皿，而且比薛嬪還要淒慘很多—宋理宗的頭骨竟然被元人做成了酒杯。宋理宗趙昀是南宋的第五位皇帝，但是他卻不是正常登基為皇帝的。1224年宋寧宗駕崩，朝廷權臣史彌遠廢掉了太子趙竑，改立當時19歲的趙昀為皇帝，也就是宋理宗。弱小且沒有根基的趙昀根本不是權臣的對手，趙昀只能在史彌遠的掌控下做一個傀儡皇帝。

趙昀的傀儡皇帝一直當到1233年，史彌遠去世之後趙昀才成為了有名有實的皇帝。趙昀掌權之後不久，南宋朝中就出現了一種聲音，朝臣們都認為現在可以聯合興起的蒙古遊牧民族的勢力共同剿滅金朝以告撫宋徽宗宋欽宗的在天之靈。於是趙昀便做主聯合蒙古人攻打金人，1234年金朝金哀宗自殺，金國滅亡。

可是接連滅掉了西夏和金國之後，蒙古人的野心空前膨脹，再加上當時蒙古騎兵的作戰能力實在是很强，金國滅亡不過半年南宋就丟掉了整個河南地區，蒙古人也是步步緊逼，孱弱的南宋軍隊根本無法抵抗。趙昀也為自己的錯誤決斷下了罪己詔，然後便沉溺酒色不理朝政，而蒙古人的勢力則越來越大，趙昀去世15年之後南宋就被蒙古人滅國。

到了元朝的統治時期，忽必烈派遣藏傳佛教僧人楊璉真伽作江南釋教都總統，掌管江南地區的佛教傳教工作。1278年楊璉真伽盜挖南宋皇陵，取走了大量的財寶，還在陵墓中發現了浸泡在水銀中屍體還沒有腐爛的宋理宗遺體。楊璉真伽便將這具屍體暴曬三天，然後按照藏傳佛教的習俗將宋理宗的頭骨製成了骷髏碗，

當時江南地區的人民感覺受到了奇耻大辱，江南義士唐玨等人想要偷走這個骷髏碗，但是卻被楊璉真伽識破。在《南宋雜事詩》有記載：“故宮思見舊冬青，一塔如山塞涕零。領訪魚影香骨案，更從何處哭哭靈。”隨後楊璉真伽將這個骷髏碗獻給了元世祖忽必烈，元世祖為了彰顯元朝地位優於南宋，於是將這個骷髏碗放在宮中把玩，還將其定為皇室傳承之物。

百年之後朱元璋率領起義軍攻破了元朝大都，在大都的宮殿中朱元璋找到了這個骷髏碗。因為朱元璋出身淮西地區，之後主要的活動範圍也在江南，所以知道這個骷髏碗上的故事。1369年朱元璋將骷髏碗葬回了宋理宗的陵墓，紹興永穆陵，此事在《明太祖實錄》中確有記載。隨著永穆陵的發掘，考古專家也發現了墓中的骷髏碗，考古人員都感歎宋理宗死後的悲凉，同時也稱讚朱元璋的行為。