康熙十五年夏天，王輔臣向圖海投降，平凉周邊的各路叛軍失去了覈心，也紛紛投降。此前，已經叛清的四川總兵官吳之茂率軍北上，進入秦州，呼應平凉的王輔臣。得知王輔臣投降，吳之茂只好離開秦州，又遭到張勇等人率領滿漢大軍圍剿，吳之茂大敗，最後只帶著十幾人逃脫。

陝甘一帶的形勢大體穩定下來。經過兩年的戰亂，陝西各地一片殘破，後方百姓雖然沒有經歷戰火，也被逼迫為清軍輸運糧草，困苦至極。所以，圖海請求朝廷暫時免除當地百姓負擔的賦稅。

康熙皇帝論功行賞，圖海被封為三等公，張勇被封為一等侯，子孫可以繼承十次。

此時，廣西反叛的孫延齡被吳三桂殺死，福建反叛的耿精忠也投降了清軍，掉轉槍口幫助清軍，清廷總算可以稍稍喘息一下了。

此後，圖海一直坐鎮陝西，王輔臣也一直呆在圖海身邊，實際上他這個陝西提督已經有名無實，被監視使用。

形勢進一步安定之後，圖海率軍兵分多路，向四川進軍，他本人一直坐鎮漢中，防備陝西出事。此前，川北總兵官譚弘叛亂，給清軍造成很大麻煩，後來曾經短暫投降，然後再次反叛。

康熙十九年十月，康熙皇帝派人向圖海傳諭，責備他消極畏縮，又特別提起譚弘這些投降的官員，康熙皇帝是這樣說的：“投誠官員，豈可深信？宜留置左右，時加防範，朕前屢次密諭”。

而譚弘投降之後，就歸圖海指揮，圖海沒有把他們放在身邊監視，反而派往別處，所以才會複叛，康熙皇帝囙此質問圖海：“此等反叛之賊，受爾何恩，而乃輕信如是也？”

顯然，在康熙皇帝看來，王輔臣、譚弘這些曾經的叛將都不值得信任。

此時的戰場上，清軍可以集中力量對付吳三桂，完全掌握了主動。康熙十七年八月，吳三桂死於衡州。康熙二十年十月，清軍佔領雲南，吳三桂的孫子自殺，三藩之亂徹底被平定。

這一年的七月，康熙皇帝說圖海年紀大了，身體又不好，西南形勢已經安定，讓他帶著大將軍印返回北京，又特別提出，讓圖海帶著王輔臣“來京陛見”。

不久之後，圖海奏報說，他們走到西安時，王輔臣“於八月二十九日病故”。圖海又說：王輔臣的女婿薛英提出，要帶著王輔臣的遺骸和家人前往平凉，請示北京應該如何處置。兵部要求遣散王輔臣部下阿兵哥，官員酌情使用，同時要求把王輔臣的遺骸和家人帶到北京來。

王輔臣死得很及時，不然的話，到北京之後，等待他的肯定不是什麼美缺，很可能是一把屠刀，甚至更慘。康熙皇帝掌控全國形勢之後，開始進行最後的清算，曾經短暫反叛的平南親王尚之信被賜自盡。更早反叛的靖南王耿精忠被召進京，最終在康熙二十一年的正月，與多名親信一起被淩遲處死。如果王輔臣到北京，結果不會比耿精忠更好。

還有一種說法，王輔臣根本不是病死的，他很清楚自己不會有好下場，所以拿出銀錢，打發自己身邊的親信和女人趕快離開，囑咐他們一定撇清與自己的關係。他不想死在刑場，但是，如果自盡，不管是自刎、服毒、自縊，都會留下痕迹，結果會讓圖海和身邊的侍從們受連累。

所以王輔臣把自己灌醉，讓侍從捆住他的手脚，用紙蒙在他的口鼻之上，在紙上噴水，讓他窒息而死，看起來和猝死一樣，毫無痕迹。

十月，圖海回到了北京，康熙皇帝在乾清門召見他，記載中只說“嘉勞之”。給人的感覺是走一走過場，態度很冷淡。對於圖海來說，這可不是好兆頭，所以幾天之後他“以病乞休”，希望回家養老，康熙皇帝沒有同意。

四天以後，康熙皇帝在乾清宮召集群臣，回顧三藩之亂的始末，特別提到，當初他提出撤藩時，大學士圖海認為“斷不可遷移”。

很明顯，康熙皇帝是在當眾責備圖海的錯誤。到了十二月，圖海突然死去。康熙皇帝派身邊的侍衛和大臣前去祭奠，送去三千兩銀子和鞍馬等物。

還有記載說，康熙皇帝和圖海談起王輔臣，圖海替王輔臣說話，說當初王輔臣並未想反叛，只是被部下裹挾而已。

康熙皇帝本來就對王輔臣不明不白死掉非常惱火，圖海看不清形勢，還替王輔臣說話，康熙皇帝怒道：“汝與王輔臣一路人也”。

從皇帝嘴裡說出這種話，等於宣判了圖海的死刑，圖海不想受辱，自己吞金而死。

圖海愛惜王輔臣的才幹，遵守平凉城下對王輔臣許下的諾言，最後時刻給王輔臣自絕的機會。而王輔臣在絕境之中不敢連累圖海，兩個人都是守信義的漢子，令人敬重。