為加强海南熱帶資源開發，根據國家農墾部和廣東省委的决定，1958年3月，設在廣州的華南亞熱帶作物科學研究所遷至該所聯昌試驗站所在的海南儋縣地區，面積約1666公頃，起名為寶島新村，並於同年5月成立華南農學院海南分院，實行所、院統一領導的管理體制。

所、院遷建之初，條件十分艱苦。數百名職工及家屬到達寶島新村後，絕大多數人只能住進臨時搭建的茅草房，大件行李、儀器設備堆放在只有蓋頂的草棚中。籌建中的華南農學院海南分院在當年秋季開學，也只能臨時搭建16幢茅草房作為學生教室、宿舍、圖書館、食堂，囙此又被稱為“草房大學”。所、院建立之後不久，又遇上經濟困難時期，科教員工、學生生活所需的基本糧油和副食品供應十分緊缺。

為了解决教學、科研和生活急需用房，所、院自力更生，成立基建隊，辦起石灰廠、磚廠、打石廠和木工廠，自己動手蓋房。1958年底，所、院建成一批簡易磚瓦平房，大多數教職工和學生搬進了新居。接著，所、院又先後建起一幢研究大樓和一幢教學大樓。所、院還陸續創辦起工作和生活必需的幼儿園、中小學、醫院、商店等，並在地方政府的支持下設定了郵電所、儲蓄所、書店等。

成立時，所、院黨委提出“一統四包三結合”的工作方針，即在黨委統一領導下，科研、教學人員包科研、包教學、包生產、包推廣，實行科研、教學、生產三結合。1959年2月，根據廣東省委召開的“開發海南和湛江熱帶地區座談會”精神，華南農學院海南分院改為華南熱帶作物學院，由國家農墾部和廣東省雙重領導。7月8日，國家教育部、農墾部發文，正式定名為華南熱帶作物學院。1965年，經國家科委和農墾部準予，華南亞熱帶作物科學研究所擴建為農墾部熱帶作物科學研究院，後改名為華南熱帶作物科學研究院，“兩院”稱謂從此開始。“兩院”創辦初期，由於師資和教學設備嚴重不足，科研、教學機构完全合在一起。1959年7月，科研、教學機构分設，研究所以科研為主，教學、生產為輔；學院以教學為主，科研、生產為輔。1960年，研究所設研究機構8個，學院設6個系。

1994年，華南熱帶作物科學研究院改名為中國熱帶農業科學院。1996年，華南熱帶作物學院改名為華南熱帶農業大學。2007年，華南熱帶農業大學與海南大學合併，“兩院”部分搬遷至海口。（邱江華輯）