國民黨軍自上海撤守之後，中共方面因為顧慮美國的軍事干預並為應對大軍南進之後的後勤補給需要，主動放慢了進軍步伐，各戰場的大規模戰鬥較前為少，國民黨有一個短暫的喘息之機。

但就是在此時，國民黨也毫無團結一致、振衰弃弊之表現，而是派系相爭，內鬥不已，人心渙散，其失敗結局已成為無可挽回的事實。

一、蔣桂之間白熱化的爭鬥

國民黨黨內衝突，仍以蔣桂兩系相爭為主導，夾在兩系之間的閻錫山，雖為閣撰，但大小事項均不决定於己，得桂系同意，若蔣系反對仍為枉然；得蔣系同意，又需要看桂系眼色。他自稱只有“束手無策坐以待斃之可慮”。

7月1日，蔣介石在臺北設立國民黨總裁辦公室，其下設設計委員會，分為黨務、政治、軍事、外交、財政、文化文宣等組，儼然為廣州政府之太上皇。7月14日，蔣介石飛到廣州。

16日，國民黨决定成立非常委員會，隸屬於中央執行委員會，代行中央政治委員會職權，由蔣介石、李宗仁、孫科、居正、于右任、何應欽、閻錫山、吳忠信、張群、吳鐵城、朱家驊、陳立夫組成，蔣任主席，李任副主席，洪蘭友任秘書長，程思遠任副秘書長。

蔣系人物在非常委員會中占了絕對優勢，從此李宗仁的施政更受牽制而不能自主。閻錫山在會上提出了長達48頁的《扭轉時局方案》，但毫無新意，無非軍政一元化、提高地方職權、加强政治工作、調整官兵待遇、爭取廣大群眾一類老生常談。

18日，國民黨决定由李宗仁、閻錫山、顧祝同組成軍事小組，負責軍事大政方針之決策，但在防守重點置於何處以及兵力調動方面，蔣桂兩系意見不一，只能各行其是。

按照桂系的設想，應該集中兵力加强華中防線，名為確保廣州，實為鞏固廣西。7月27日，李宗仁飛抵臺北與蔣介石會談，提出此項建議，但蔣介石以胡宗南和宋希濂反對為由予以否决，並稱現時兵力有限，不能防守大庾嶺以北地區。

8月14日，白崇禧致電蔣介石，提出：

“湘南為粵桂屏障，本署擬在湘南湘西戰場决心打擊進犯匪軍，借求粵桂安全，並挫匪勢，用收振奮人心士氣，轉變國際觀聽之效。“但他認為，現宋希濂部在鄂西，方天部在贛南，湘西只有6個軍，“以此擔負前述之重大任務，實感力有不足“。

他提出，廣東現有7個軍，“與其以之完全做消極使用，寧暫以其主力北上，至少抽調粵北兩個軍車運來陽，協力華中方面作戰，集中力量，相機予匪打擊，較為適宜”，“否則如湘南不保，本署主力被擊潰後，匪將長驅直入粵境，我重遭各個擊破，廣州勢難免上海之後塵”。

蔣介石對桂系的意圖心知肚明，他在17日回電白崇禧，拒絕其建議。其後白崇禧通過廣州國防部，調動駐廣州的第21兵團劉安祺部北上。蔣介石本無意守廣州，但為堵桂系之口，又以廣州重要為由，訓示、放任下屬不聽從白崇禧的命令。蔣介石要求顧祝同停調劉安祺部，訓斥他“視戰事如兒戲，以軍隊為玩具，置所部生死成敗於不顧，徒供無謂之犧牲，是非吾人忠於黨與革命負責之道”。

蔣的侍從室負責人俞濟時電告劉安祺：

“如要北調，必先向校長請示，切勿擅自移動為要。“在蔣介石的縱容之下，劉安祺不僅不服從調令，甚至將己部所處形容為“邪惡之政治環境”，並反對“邪惡勢力從中利用”。

對於蔣介石壟斷權力、控制軍隊的做法，桂系雖無可奈何，但也不時發起反擊。桂系的主張在一定程度上得到廣東軍政當局，如薛嶽、餘漢謀等人的支持，他們策動屬下以民意代表身份，責備軍事措施之不當，要求撤銷參謀總長顧祝同的職務。

9月1日，國民黨中央非常委員會開會檢討戰局，李宗仁發言稱：

“欲打開此沉悶局面，必須靈活運用軍事力量使能反敗為勝。……保衛廣東，首貴統一指揮，決戰應積極做去，不可延誤。但部隊不聽調度，即無法完成部署。”

他指責說：

胡璉兵團原在贛南，歸華中指揮，不知奉何人命令，調到廣東東江，這命令顯然不對。他提出今後大的決策應請總裁訓示，小的如軍隊調動等，應聽國防部命令，因為總裁說過他領導黨，不問政事，此類事件當非總裁之意，其癥結何在，責任何屬，實難揣測；原訂戰畧不能執行，政府又如何做事。

不過這是李宗仁自說自話，蔣介石從來不認為軍隊調動是小事，軍權是蔣必須時時控制在手的。因為李宗仁的政令不能推行，閻錫山又不能在蔣桂發生衝突時支持他，李宗仁對閻錫山也日漸不滿，有意另找人擔任行政院長。但閻錫山有蔣介石的支持，並不把李宗仁放在眼裡，他請鄒魯轉告李宗仁，本人既任此職，請辭殊違初衷。鄒魯告他，如其不辭，李宗仁恐有意將其免職。

但閻稱：如免職我不副署，則李為不合法。閻錫山既如此態度，又有蔣介石的支持，李宗仁最終也沒能實現其意圖。桂系的一系列做法，更新增了蔣介石對桂系的不滿和怨恨。雙方關係實已難能協調。

二、桂系最後的從出路

10月中旬，國民黨軍自廣州撤守，13日李宗仁飛回桂林。國民黨內開始有請蔣介石複職的呼聲，此事成為蔣介石與李宗仁交惡公開化的最後導火索。蔣的謀臣吳忠信率先問李宗仁：“有無知難而退之意”。李答稱：

“我不準備引退，如果蔣先生要複職，那就由他自己决定。他表示：“蔣先生以國事困難，令其出而負責，但又不令管事。彼自己既不來，亦不交出鈔與權。……時局至此，令人憤懣不已。”

蔣介石雖有心複職，但李宗仁拒不退職，使得蔣一時亦無法强其進行。11月3日，白崇禧提出，請蔣複職，李以養病為由赴美就醫，而以其出任行政院長兼國防部長為李退職的條件，但蔣堅不同意。

11月12日，李宗仁在桂林召集桂系大員商討今後的出路，提出積極做法是以桂黔滇和海南島自成局面，與蔣切割；消極做法則是出洋，由白崇禧為西南殘局善後。此時，國民黨軍事已至最後關頭，白崇禧認為出國不過是做寓公，而退臺灣或可有所為，他一向堅決反共，又惑於蔣介石的拉攏，與李的態度漸漸拉開了距離。

沒有白崇禧的支持，李宗仁也不可能自成局面，囙此决定採用後一方案，自己出國就醫，將桂系部隊及善後問題交由白崇禧負責。李宗仁不去重慶，殘存的國民黨政府中心無主，一派土崩瓦解之象。

張群多次電催李宗仁返渝，李則稱“擬續赴各地巡視，以激勵士氣民心，請速電總裁促駕，不必俟仁返渝”。

蔣介石自記：

“德鄰飛桂後，閃避不回重慶行都，整個政府行同瓦解。軍民惶恐，國難已至最後關頭。不管李之心理行動如何，餘不能不先飛渝，主持殘局，明知其挽救無望，但盡我革命職責，求其心之所安也。“

三、國民黨守西南的判斷失誤

10月下旬，革命军第二野戰軍主力正隱蔽開向湘西集結，但毛澤東佈置劉伯承於23日在鄭州公開露面講話，造成第二野戰軍將自陝西入川的假像。中共還部署當時潜伏在國民黨西南軍政長官公署、擔負作戰計畫之責的副參謀長劉宗寬，在8月29日重慶軍事會議上提出“情况判斷”，加深國民黨對中共部隊將自陝西入川的認識。

直至10月下旬，國民黨仍判斷中共將由陝西進軍四川，胡宗南囙此自信“由關隴地區撤守秦嶺山嶽地帶，是西北戰場在戰畧上的重大決策”，“守住秦嶺、陝南，川北以至成都平原大可高枕無憂”。

11月1日，第二野戰軍第3、5兵團自湘西、鄂西向黔東、川東全線發起攻勢。鄂西方面，第四野戰軍一部先於10月28日發起對宋希濂部的攻勢，第二野戰軍第3兵團2個軍隨即加入攻勢，11月7日占恩施，隨後進入川東，16日占彭水，25日占南川，自東面進逼重慶；湘西方面，第二野戰軍第5兵團及第3兵團1個軍直出貴州，於11月15日進佔貴陽，21日進佔遵義，切斷了國民黨軍南退之路，隨後繼續北進重慶。

11月14日，蔣介石自臺北飛至重慶。20日，李宗仁自南寧飛到香港，以“胃病復發”為由，表示將“轉美檢驗”。行前，他將中樞軍政事宜交由閻錫山負責，日常公務交由秘書長邱昌渭和參軍長劉士毅代行。國民黨其後派居正等人赴港對李返渝，被他堅決拒絕。

12月3日，閻錫山致電李宗仁稱：

“鈞座一日離國，全國軍民則一日無所依託，在此危急存亡决於俄頃之際，何能一日無元首躬親主政。……敬祈鈞座重加考慮，俯念時艱，即日力疾返國，挽救危局。”

但李宗仁毫不動心，5日自香港飛美國，同時告閻錫山：“胃疾劇重，亟待割治，不得已赴美就醫。……請兄對中樞軍政仍照常進行，至於重大決策，仍可隨時與仁電商。”

李宗仁出走之後，國民黨內請蔣介石複職的聲浪更高。11月27日，國民黨中常會決議請蔣介石複職。蔣認為，李宗仁滯港，不在政府主持，餘又不復行視事，則我國已無元首，成為無政府狀態，舉國上下人心動搖，“囙此，不能不作複行視事之準備，惟對時期問題尚須加以研究”。為了拉攏殘餘的桂系力量，蔣介石對白崇禧表示，絕不於此時“複行視事”。

28日，他又致電白崇禧：

“如德兄仍格於病勢，不能返中樞，而必須赴美療養，届時本黨中央當特邀兄來川，共同鄭重計議，尋求解决之道。過去北伐成功，抗戰勝利，均賴吾人之戮力，兄之協力，今日時艱事危，至於此極，本黨衕誌團結同生，否則俱亡。本黨若亡，國家隨之。“

蔣桂兩系的衝突雖因李宗仁出走而得以化解，桂系也因其軍隊損失殆盡而成歷史名詞，但蔣心中對桂系的怨恨並未消失，他在日記中恨恨地寫道：

桂系“借共匪之聲勢，以脅制政府，逼迫領袖，以為奪取權位之良機，以爭取美國第三勢力之歡心，不惜毀黨聯共，期達成其投機取巧之目的“；“於軍事、財政乃至人事、法紀，除與之有利者外，其他無不盡力予以徹底摧毀，而對各文武官員先之以威脅不成，則繼之以利誘，所有經餘二十餘年來所建立之國民革命事業，皆為其十個月內毀壞殆盡”。

這也為白崇禧晚年在臺灣不受待見的命運埋下伏筆。

白崇禧等桂系大員到臺灣後，均被蔣棄置閒散，不予安排有實權的職位，他們已不復再現當年之風光。

四、成都的失守

在第二野戰軍部隊迅猛進軍的打擊之下，國民黨軍一觸即潰，毫無像樣的抵抗，宋希濂部自鄂西節節後退至涪陵一線，孫元良兵團自川鄂邊界後退至萬縣、豐都一線。至此，蔣介石才明白中共部隊入川的重點方向在南面，遂趕調羅廣文兵團至重慶長江南岸綦江佈防，令胡宗南撤守川北防線，向成都地區集結，並令其調派精銳部隊第1軍緊急增援重慶。

但蔣介石的部署已是緩不濟急，27日，第二野戰軍部隊進佔綦江，兵臨重慶城下，羅廣文兵團望風而潰。當日，國民黨政府不得不决定遷至成都。11月30日，第二野戰軍部隊進佔重慶，隨後繼續西進，切斷成渝公路，12月7日進至瀘州、自貢，準備與北路部隊在成都平原合圍殘餘國民黨軍。

面對第二野戰軍部隊的淩厲攻勢，國民黨軍川東、川南防線全線失守，川北防線後路被抄，成了無用的擺設。為擺脫此等困境，自11月19日起，胡宗南以第7兵團於後尾掩護，第5、18兵團梯次向成都南撤，12月3日進入川北。位於陝南的第18兵團在賀龍率領下，對胡宗南部隊保持壓力，步步跟進。

12月7日進佔漢中，隨後亦進入川北。成都平原雖為米糧之倉的天府之國，但無險可守，從川北、川東、川南敗退的國民黨軍殘部麋集於此，中心無主，混亂不堪。12月8日，國民黨宣佈將政府遷往臺北，同時改組西南軍政長官公署，由參謀總長顧祝同兼領其職，令胡宗南為副長官代行顧的職務，統領西南軍政。

蔣介石還企望他的愛將胡宗南能指揮所部，聯合康滇地方實力派劉文輝、盧漢等，繼續在西南堅持。但就在此時，康滇地方當局先後宣佈起義，使蔣介石的企圖又破滅了。劉文輝、盧漢等的起義，使國民黨軍無法退守或借道西康撤退。胡宗南曾命羅廣文和陳克非兵團進攻彭縣，再占雅安和康定，以打開西康至昆明通路，但在國民黨軍大勢已去的情况下，羅、陳均在自找出路，沒有聽命。

1949年底，殘存的國民黨政府統轄之地已經局處在西南一隅，而且國民黨軍還在繼續敗退之中。11月22日，國民黨决定將政府遷往成都。

27日，國民黨中常會决定將政府遷往西昌，並暫先移成都辦公。30日，蔣介石飛離重慶到達成都。但是成都很快亦將不保，12月7日，國民黨决定將政府遷往臺北，另在西昌設立大本營。8日，閻錫山飛至臺北，通告自次日起政府在臺北辦公，另行組織“戰鬥政府”和“戰鬥內閣“，精兵簡政，隨軍行動。

第二野戰軍自重慶西進後，以切斷國民黨軍退往西昌通路、殲其於成都平原為戰役目標，南路令2個軍進軍樂山，2個軍進軍邛崍、新津，北路令第18兵團自川北分路南下。其後，南路於13日占宜賓，15日占簡陽，16日占樂山，18日占彭山，19日占耶並在峨眉俘宋希濂，20日占大邑；北路於14日占廣元，18日占劍閣，21日占綿陽、巴中，22日占江油，自南北兩面完成了對成都平原的包圍。

21日，蔣介石令胡宗南率部自成都地區向康、滇突圍。22日，胡宗南在新津召開軍事會議，决定第5兵團向西昌，第18兵團向雲南昭通，第7兵團向貴州威寧，第15、20兵團向貴州畢節分路突圍。

次日，胡宗南飛往海南島。國民黨軍戰機早失，主將又臨陣脫逃，部隊失去統一指揮，處在一片混亂之中，各部均在自尋出路。

11日，第22兵團司令兼第72軍軍長郭汝瑰在宜賓起義；21日，川鄂邊區綏署副主任董宋珩及第16兵團副司令曾蘇元在什邡起義；24日，第15兵團司令羅廣文和第20兵團司令陳克非分別在郫縣和安德起義；25日，第7兵團司令裴昌會在德陽起義；26日，第20軍軍長楊漢烈和第127軍軍長趙子立分別在金堂、巴中起義。

只有第5兵團司令李文决定執行胡宗南的訓示，命令以第5兵團居中，第18兵團居右，第1、3軍居左，自24日起向邛崍攻擊前進，企圖經此轉進雅安。但18兵團接令後按兵不動，其餘部隊無力突破第二野戰軍部隊的阻擊，27日全部被殲李文被俘。

當日，第18兵團司令李振在成都起義，第二野戰軍第18兵團進佔成都，國民黨軍30餘萬人在成都平原基本被殲。

國民黨戰史評論說：

“由於國軍判斷匪軍主力系由秦嶺南下，故特加强川北兵力配寘，以至川南空虛，匪第五兵團遂得以由貴州長驅直入，而國軍已無足够兵力防堵，以至於被圍於成都附近地區，數十萬大軍終在突圍中迅遭覆滅。因敵情判斷錯誤，導致作戰指導失策，終使全軍覆沒之慘痛教訓，莫此為甚。“

五、在西南最後的日子

1949年12月10日下午2時，蔣介石乘坐專機自成都飛返臺北，最後離開了他當政22年的大陸，於下午6時半抵達臺北。在蔣介石日記中，“是月實為國內外對餘最後總打擊之一月，而黨與國亦為最危急之一月“。

他對國民黨軍在西南戰役中毫無作為、一觸即潰的事實，對不少平時恃驕固寵、頤指氣使的所謂天子門生的表現深為失望。12月12日，蔣介石在臺北演講中說：“高級將領精神的崩潰，道德的墮落，實在使得我灰心失望。”

他嚴厲指責：

“軍隊裡面不僅精神喪失，而且紀律蕩然。無論上海、廈門、廣州，每一次撤退，高級將領總是先部下而退，置部下的生死存亡於不顧。”“守土有責的高級將領，擁有比敵人優勢的兵力，在還沒有和敵人接觸的時候，他心中早就有了一個腹案，就是怎麼樣脫離戰場，從那一條路逃到那一個偏僻安全的地點，苟全生命。……這一次川黔兩地作戰的大多數將領，差不多都是這種心理。”

他以宋希濂為例，認為以其6個軍至少10萬人的兵力，“雖不說完全殲滅來犯的敵人，至少也可以禦敵於四川以外，何至令敵人又長驅直入，抵達重慶的週邊呢？”囙此，“這一次西南軍事的失敗，宋希濂應該負最大的責任。”

蔣介石在離開成都前，將西南軍事指揮權交給他最信賴的學生之一胡宗南，對胡寄予很大的期待。到臺灣後，他誇獎胡：

“自抗戰以來，負西北重任，督率所部，埋頭苦幹，尤其在最近四年剿匪戰役中，經過若干次艱苦的戰鬥，獲得輝煌的戰果。但是他無論對友軍、對社會、對國際人士，從不作自我文宣，以炫耀其功績。所以到今天不僅國際人士不知道他有如此雄厚的力量，就是國內人民也不能完全瞭解他十餘年來對於党國貢獻的偉大。…胡主任現在負西南整個軍政的責任，我相信他一定可以率領我們革命軍最後一部分菁華的部隊，在這一個地區上建立起堅強不拔的基礎，作為我們大陸反攻的根據地。”

結果，胡宗南的表現卻令蔣更為失望。22日，蔣親函胡宗南，並要其等收到信後再作部署。但23日蔣得知成都已無人接聽電話，胡宗南於當日飛往海南島，他根本就不敢親臨戰陣，就在蔣誇獎他的10天之後，即將數十萬部隊丟棄不顧，自己臨陣脫逃，與蔣嚴詞斥責的那些將領的表現如出一轍。

12月27日，俞濟時奉蔣介石之命致電胡宗南，嚴詞責問胡：“何不能暫待此信”“將何以對卅萬急待指揮之官兵與拯救千鈞一髮之党國”，“總裁認此為此次西南軍事徹底失敗之根本責任所在也，未知兄將何以慰之“。

在蔣介石的嚴厲督責之下，28日，胡宗南又飛返國民黨軍殘部集中所在地西昌，部署西昌守備作戰。此時西昌還有國民黨軍殘部35000餘人，由西昌警備司令賀國光負責指揮，但勢處孤立，無法久守，胡宗南到此也不過是敷衍蔣介石一番而已。

1950年1月14日，顧祝同飛到國民黨軍殘部另一集中地滇南蒙自，部署將第26軍撤回臺灣，第8軍擴編為第8兵團，以湯堯任司令，留在雲南進行遊擊作戰。但15日顧祝同剛剛飛離蒙自，16日蒙自即被第二野戰軍第4兵團所占，切斷了殘餘國民黨軍的空中退路。

其後，第8軍退往石屏，第26軍退往個舊。17日，第4兵團占個舊，第26軍軍長彭佐熙率少數殘部退往越南、緬甸。24日，第8軍被殲，湯堯及第8軍軍長曹天戈被俘。3月12日，西南軍區調3個軍各一部共13個團，自南北兩面發起西昌戰役，23日占富林、會理，24日占瀘定、康定，27日占西昌。胡宗南再度臨陣脫逃，與賀國光等於27日飛往海南島。4月13日，西昌地區的國民黨軍殘部被全殲。

至此，除臺灣及部分沿海島嶼仍在國民黨的控制之下，香港和澳門仍分別為英國和葡萄牙所占外，國民黨失掉了大陸最後的根基。